Proteine omologhe

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VALERIA G
Nuovo Arrivato

43 Messaggi

Inserito il - 20 maggio 2011 : 11:12:02

ciao a tutti volevo chiedere un'informazione, potreste dirmi quando due proteine si definiscono omologhe? e come si fa l'analisi di allineamento? l'analisi di allineamento si fa per ricavare l'omologia tra i domini proteici? grazie a tutti , su qst argomento sn un p� confusa

domi84
Moderatore

Citt�: Glasgow

1724 Messaggi

Inserito il - 21 maggio 2011 : 15:05:49

Ciao Valeria,
inizia a dare un occhio qui:
http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=613&SearchTerms=omologhe

Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
Le foto che ho scattato...

laviadellavirtu
Nuovo Arrivato

51 Messaggi

Inserito il - 07 giugno 2011 : 12:19:22

Ciao Valerio...due proteine si dicono omologhe quando derivano da un progenitore comune....per capire se sono omologhe devi confrontare le sequenze...
cioe' devi allinearle e capire se ci i residui sono conservate tra le due sequenze...
se c'� similarita allora le due sequenza durante la storia evolutiva erano una cosa sola...
ma stai attenta...anche se due sequenza non mostrano gli stessi residui e quindi nn c'� somiglianza nn � detto che non siano omologhe...il problema � che ogni gene ha una storia evolutiva a se....e allora??? e allora ad esempio insulina di uomo e insulina istrocomorfi...hanno la stessa funzione ma come mai se vai a guardare le sequenze sono altamente differenti??? sulla base della similarita nn potresti dire che sono omologhe ..in realta la sequenza DEGLI istricomoforfi ha subito nel corso dell'evoluzione una serie di mutazione e per questo nn si puo trovare omologia...
ma allora? in realta basterebbe solo qualke residuo...e tu sai bene quali(quelli del sito catalitico) per mantenete la funzione della proteina...

ora...
l'allineamento puo essere a coppia o multiplo...
a coppia se semplicemente confronti due sequenze...
devi capire pero ke servira un metodo di per capire quale allineamento � migliore di un altro e uin metodo per operare... le matrici fanno al caso tuo...pam e blosum...mentre l'operote � l'algoritmo...

allineamento multiplo per conoscere funzione di una proteina incognita
o per conoscere funzione di un sito...

fammi sapere che ti serve di piu
buona giornata