Io sapevo che si tratta di una variante della PCR in cui si usa un set di molteplici primers in una singola reazione di PCR. Quindi si producono diversi amplicons di diverse dimensioni che comprendono quindi diverse sequenze dell'originale campione di DNA. Credo però si debbano scegliere dei primer le cui T di annealing siano adeguate per funzionare in una singola reazione (tutti i primers devono appaiarsi durante la seconda fase di ogni ciclo).
Infatti è un metodo che utilizza lo stesso DNA per amplificare diversi ampliconi nella stessa reazione.Le PCR Multiplex vanno messe a punto e dosati i primers per ottenere quantità omogenee di amplificati osservabili su gel, con Real-Time o LightCycler. Si devono quindi identificare ampliconi che poi possano essere distinti per peso o per qualche caratteristica (fluorescenza)...si devono trovare coppie di primers con TM compatibili e che non diano amplificazioni non corrette. Da ogni reazione si amplifica contemporaneamente più di un amplicone fino ad un max di quattro o cinque. I criteri principali per questa tecnica sono la compatibilità dei primers,TM omogenea,assenza di annealing spuri combinati tra coppie diverse,assenza di annealing tra primers,controllo delle amplificazioni desiderate.