cosa si intende per stringa consenso?

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viggy
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41 Messaggi

Inserito il - 30 settembre 2011 : 11:09:38

sto preparando l'esame di bioinformatica, e nell'affronatare la ricerca di pattern secondari ho trovato l ' espressione "stringa consenso" riferita al pattern stesso.
potete spiegarmi cosa significa?
grzie a tutti.

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 30 settembre 2011 : 11:21:06

Semplicemente la stringa composta dai nucleotidi piú comuni in ogni posizione.

Immagina di avere tre sequenze:


AAGACCCTTTT
AAAACCCTTAT
ATAACCCTTTT

La sequenza consenso sará AAAACCCTTTT, o, a seconda del threshold utilizzato, A[AT][AG]ACCCTT[AT]T.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)

viggy
Nuovo Arrivato

41 Messaggi

Inserito il - 30 settembre 2011 : 12:01:36

grazie mille, finalmente mi è chiaro!