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sarasara88
Nuovo Arrivato
21 Messaggi |
 Inserito il - 14 ottobre 2011 : 15:06:03
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Salve a tutti, scrivo per avere un aiuto sull'interpretazione della heatmap...sulle colonne ci sono 42 campionid di tessuto e sulle righe 98 probe set, il giallo indica probe set sottoespressi e il rosso sovraespressi?
In particolare, i colori che compaiono nella striscia appena sotto i dendrogramma cosa indicano??? perchè per esempio i campioni che hanno sotto il colore rosso, poi sulla heatmap hanno eprlopiù colori gialli, quindi non capisco il nesso logico!!!
grazie!
Allegato:  Documento.rtf
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 14 ottobre 2011 : 16:17:39
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Citazione:
l giallo indica probe set sottoespressi e il rosso sovraespressi?
E' una domanda o una affermazione? :-)
E' impossibile rispondere a questa domanda senza avere la legenda del grafico, o senza sapere da dove è stata presa. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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sarasara88
Nuovo Arrivato
21 Messaggi |
Inserito il - 14 ottobre 2011 : 18:40:08
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Citazione:
Messaggio inserito da dallolio_gm
Citazione:
l giallo indica probe set sottoespressi e il rosso sovraespressi?
E' una domanda o una affermazione? :-)
E' impossibile rispondere a questa domanda senza avere la legenda del grafico, o senza sapere da dove è stata presa.
data.set <- read.csv("ext-valid-cn-rm-pm-samples.csv",header=T)
dati=data.set[, c(7:42,46:51)]
##l'heatmap è stata elaborata attraverso il comando:
rc <- heat.colors(nrow(dati), alpha = 1)
cc <- heat.colors(ncol(dati), alpha = 1)
hv <- heatmap(dati,ColSideColors = cc,RowSideColors = rc)
Allegato: 1ext-valid-cn-rm-pm-samples.ods
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 14 ottobre 2011 : 19:11:40
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heat.colors parte dal rosso (valori più bassi), passa all'arancione, giallo ed infine bianco (valori più alti).
In alternativa puoi anche usare la funzione heatmap.2 del pacchetto gplots che aggiunge una legenda. |
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