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Discussione |
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xgabrix
Nuovo Arrivato
82 Messaggi |
 Inserito il - 26 gennaio 2012 : 12:40:46
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Ciao a tutti..mi chiedevo se ad oggi esistono programmi per eseguire allineamenti profilo-profilo.
Ciao
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roberta.s
Utente Junior
Città: Parigi
564 Messaggi |
Inserito il - 26 gennaio 2012 : 13:10:31
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| Cosa intendi di preciso? |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
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xgabrix
Nuovo Arrivato
82 Messaggi |
Inserito il - 26 gennaio 2012 : 21:26:16
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| certo :) sto analizzando la sequenza di una proteina di cui nn si conosce la struttura..quello che ho fatto è stato eseguire PSI blast x varie iterazioni...il mi obiettivo è costruire un modello strutturale della mi a proteina usando come templato la stuttura di una proteina conosciuta. Ora so che per sistemare e creare un accurato allineamento..sarebbe un ottimaidea creare un allineamento profilo profilo...e quinid sia dalla seq con struttura che da quella senza struttura creare un profilo...e allineare i due profili. |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 26 gennaio 2012 : 21:56:38
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Ah OK, io pensavo parlassi di profili temporali! :D
Di allineamenti proteici non ne so abbastanza, credo che tu debba usare un'algoritmo di homology modeling. E qui mi fermo.
Attendiamo qualcuno più esperto di me! |
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