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GisGis
Nuovo Arrivato
Prov.: TP
Cittą: Marsala
9 Messaggi |
 Inserito il - 03 aprile 2012 : 17:48:53
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Ciao.
Ho bisogno di recuperare i dati del progetto 1000 Genomi. In particolare avrei bisogno di recuperare le frequenze alleliche (o genotipiche) di varianti genetiche di un singolo gene, per confrontarle con quelle ottenute con i miei campioni. Qualcuno sa come e dove trovare queste informazioni???
Grazie!
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chick80
Moderatore
Cittą: Edinburgh
11491 Messaggi |
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GisGis
Nuovo Arrivato
Prov.: TP
Cittą: Marsala
9 Messaggi |
Inserito il - 23 aprile 2012 : 15:16:27
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Si, ho guardato il loro sito ed li ho anche contattati. Il problema č che trovo pochissime varianti nel gene che mi interessa. Se, sai qualcosa, per favore, aiutami! |
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chick80
Moderatore
Cittą: Edinburgh
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Cittą: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 14 maggio 2012 : 11:38:30
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Ciao,
su 1000genomes ci sono tre dataset:
- pilot1/phase1: genotipi di SNPs per ~2000 individui
- pilot2: con sequenze di trios (genitori + figlio) per 180 individui
- pilot3: sequenziamento a grande qualitį di un certo numero di geni
Quindi in realtį non ci sono informazioni su "varianti genetiche" di un gene, piuttosto ci sono informazioni sugli SNPs, peró non so se č la stessa cosa a cui tu ti riferisci.
Per scaricare le frequenze degli SNPs, puoi dare una occhiata qui:
- http://www.biostars.org/post/show/6897/getting-allele-frequencies-from-1000-genomes
Oppure usare tabix per scaricare i file corrispondenti alle tue regioni, e calcolare la frequenza con altri strumenti:
- http://www.1000genomes.org/category/tabix |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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