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drop_
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18 Messaggi

Inserito il - 09 maggio 2012 : 13:03:00

Ciao a tutti...vorrei avere la certezza di aver capito bene in cosa consiste PSI BLAST...
Io go capito questo:PSI BLAST si basa sui risultati che abbiamo da una prima ricerca di similarit� con BLAST,quindi ho la mia sequenza in esame(query) e cerco eventualmente sequenze simili con BLAST...le sequenze pi� simili sono utilizzate per un allineamento multiplo ed i risultati di tale allineamento vengono a loro volta utilizzati per costruire la matrice PSSM che tiene conto della posizione dei residui...Quindi PSSM viene utilizzata per una nuova ricerca e si possono cos� ottenere nuove sequenze che a loro volta possono essere utilizzate per la cstruzione di una nuova PSSM e cos� via...
Quindi PSIBLAST � molto pi� sensibile di BLAST e permette cos� di identificare sequenze che sfuggirebbero all'analisi con il solo BLAST.

E' cos� :) ?

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Citt�: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 14 maggio 2012 : 10:42:47

Ciao,
s�, hai capito bene, PSI-BLAST funziona come lo hai descritto tu.
Lanci un primo allineamento, e con i risultati di questo costruisci una matrice PSSM; dopodich�, utilizzi la matrice PSSM per lanciare un secondo allineamento, e cos� via.

In questo modo, PSI-BLAST permette di identificare sequenze ortologhe pi� lontane, che sfuggirebbero ad una prima iterazione di BLAST. Comunque, penso che allo stato attuale, per identificare ortologhi lontani si utilizzano altri tool, utilizzando informazioni su struttura e funzione.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)

drop_
Nuovo Arrivato

18 Messaggi

Inserito il - 14 maggio 2012 : 22:31:44

Grazie della conferma :)