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giorx
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7 Messaggi |
 Inserito il - 12 maggio 2012 : 10:43:13
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Salve a tutti,
mi rivolgo nuovamente a voi in cerca di aiuto.
Ho ua serie di sequenze (26) di DNA, delle quali vorrei calcolare la percentuale di identità.
Solitamente utilizzo il software MEGA per gliallineamenti e costruzione di alberi filogenetici, ma per le identity matrix ho sempre usato BioEdit.
Il problema, è che non mi interessa tanto la percentuale di identità tra una sequenza e l'altra, ma queste 26 sequenze si raggruppano in 3 gruppi, e a me interesserebbe l'identità media tra ciascun gruppo di sequenze.
Su Bioedit non mi sembrqa si possa fare una cosa del genere, mentre su MEGA si possono definire i gruppi, ma non ho capito come si fa (se si può fare) a calcolare l'identità. Sono solo riuscito a calcolare la distanza media tra i gruppi, espresa come sostituzioni per sito.
A me invece interesserebbe calcolare l'identità media tr ai gruppi... come posso fare? QUalcuno saprebbe darmi una indicazione, utilizzando MEGA o u altro software (magari freeware)?
grazie mille
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Identità tra sequenze - MEGA
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