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domi84
Moderatore
Città: Glasgow
1724 Messaggi |
 Inserito il - 31 dicembre 2006 : 16:15:17
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Il primo dell'anno è vicino...è con l'anno nuovo si buttano via le cose vecchie per sostituirle con le nuove...io ho buttato via WinXp per passare a Linux, la distribuzione Ubuntu (non so perchè...ma credo che questa cosa farà contento dallolio_gm  )
Ora mi domandavo...quali sono quei programmi su linux che un bravo biotecnologo non può farsi mancare???...nel senso...macari me ne direte pure parecchi che non mi servono...però vorrei esserne a conoscenza...casomai mi servissero
Ciao!
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Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
Le foto che ho scattato... |
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Zanna
Nuovo Arrivato
Prov.: Lecco
33 Messaggi |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
 Inserito il - 02 gennaio 2007 : 22:52:40
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hola!
eheh sì infatti è un bel modo di cominciare il 2007, in bocca al lupo ;)
Per i programmi non ti saprei dire esattamente.. certo è comodo avere già impacchettato bioperl o biopython, e qualche programma da linea di comando come quelli di emboss..
Poi io sto provando jabref e pybliographer come programmi per la gestione delle pubblicazioni.. sto anche cercando qualcosa che mi possa funzionare bene da wiki da utilizzare in locale.
In molte distribuzioni trovi anche incluso firefox (cioè un ottimo browser) con alcune estensioni di tipo bioinformatico già incorporate, come biofox o biobar, che aiutano soprattutto a districarsi tra i vari database.
Io utilizzo anche liferea come lettore di feeds, per controllare tutti gli articoli che mi possono interessare appena escono.
Poi per i problemi più matematici e per i grafici ti consiglio di tenere installati almeno R, octave e maxima (di quest'ultimo c'è anche l'interfaccia grafica wxmaxima).
Cmq le prime cose utili da imparare per un bioinformatico su Linux sono grep (un comando per le testare espressioni regolari su files) e un editor di testo, tipo emacs o vim.
In ogni caso vedi che con synaptic hai accesso ad un'ampia scelta di programmi scientifici... secondo me la cosa migliore é curiosarci un po', e cercare di capire come funzionano (in genere ti trovi la documentazione di ogni programma installato in /usr/share/doc/).
Fai sapere se hai bisogno di qualcosa per problemi di configurazione o altro. ciao! |
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Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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domi84
Moderatore
Città: Glasgow
1724 Messaggi |
Inserito il - 04 gennaio 2007 : 11:34:02
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Citazione:
Messaggio inserito da dallolio_gm
In ogni caso vedi che con synaptic hai accesso ad un'ampia scelta di programmi scientifici... secondo me la cosa migliore é curiosarci un po', e cercare di capire come funzionano (in genere ti trovi la documentazione di ogni programma installato in /usr/share/doc/).
Farò così!!!Grazie!!! |
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Le foto che ho scattato... |
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planetx
Nuovo Arrivato
Prov.: Taranto
Città: Talsano
25 Messaggi |
Inserito il - 05 gennaio 2007 : 23:21:13
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| Scusami, mi spiechi come funzionano bioFOX?? L'ho installato sul mio Firefox ma mica ho capito come si usa!!!! |
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planetx
Nuovo Arrivato
Prov.: Taranto
Città: Talsano
25 Messaggi |
 Inserito il - 05 gennaio 2007 : 23:23:28
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(ps perchè la mia melazza si vede solo nel profilo ma non nei commenti ke lascio? |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 06 gennaio 2007 : 14:54:33
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Citazione:
Messaggio inserito da planetx
Scusami, mi spiechi come funzionano bioFOX?? L'ho installato sul mio Firefox ma mica ho capito come si usa!!!!
Vai su Visualizza->Barre Laterali->Biofox e ti comparirà#4095; una barra con delle schifezze sopra.
Dovrebbe funzionare anche Ctrl-Shift-F ma a me non va :(
p.s. x la mela non ti so dire, ma credo tu debba editare la firma! |
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Cangrande
Utente Junior
Prov.: Verona
280 Messaggi |
Inserito il - 07 gennaio 2007 : 11:48:29
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| Casualmente anch'io dal pimo dell'anno sono passato alla ubuntu... e i vostri consigli mi sono utilissimi |
Magnifico atque victoriosissimo Domino, Domino Kani Grandi de la Scala. |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 08 gennaio 2007 : 00:46:37
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ottimo, se avete problemi o dubbi da chiedere potete usare il forum, si può fare finta che non siano troppo off-topic.
Un altro programma che mi sembra interessante e che sto cercando di imparare ad utilizzare è taverna, (http://taverna.sourceforge.net/), un software in java (quindi multi-piattaforma) per gestire workflow/protocolli per la ricerca bioinformatica. |
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Patrizio
Moderatore
Città: Barcellona
1914 Messaggi |
Inserito il - 21 gennaio 2007 : 22:58:27
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certo che questo linux... e' un po' un casino !io ho installato fedora core 6.
come si fa a scoprire un file permission di fedora e modificarlo? visto che io quando attacco il mio telefonino faccio questo:
/dev/ttyACM*
e mi da
-bash : /dev/ttyACM0:permission denied
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 22 gennaio 2007 : 00:02:16
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Preferirei non mischiare le domande dovute a problemi su Linux in un unico topic, cmq nel caso specifico la soluzione che cerchi dovrebbe essere:
-> vedere i permessi su un file:
ls -l
-> modificare i permessi su un file:
chmod +rwx nomefile
-> loggarsi con i permessi di root per smanettare con la configurazione di sistema (da evitare al minimo possibile)
su -
(exit per sloggarsi)
Le risorse più utili per i principianti di Linux (in italiano):
- fedora-it.org / debianitalia.org (siti di una rete italiana di appassionati di Linux, ILDN, che mantiene un portale per ognuna delle maggiori distribuzioni);
- Appunti di Informatica Libera - un po' pesanti ma veramente completi;
- il newsgroup it.comp.os.linux.iniziare, magari con un buon lettore di news al posto di googlegroups (per esempio thunderbird o pan). Puoi ottenere molte più informazioni leggendoti le FAQ del gruppo all'indirizzo http://www.linuxfan.it/icoli/ , anche perché i newsgroups non sono famosi per essere posti in cui la gente risponde con molta educazione 
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Patrizio
Moderatore
Città: Barcellona
1914 Messaggi |
Inserito il - 22 gennaio 2007 : 00:44:38
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| ok,e grazie per i link |
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