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ALLY
Nuovo Arrivato
3 Messaggi |
 Inserito il - 08 gennaio 2007 : 17:39:00
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Ciao a tutti..
c'č stato un cambiamento e ho deciso di fare un semianrio per l'esame di bioinf..a proposito della predizione della struttura delle proteine..ome posso organizzarlo?nn dev'essere prettamente bioinformatico e difficile..tutti avete la mia mail o cmq potete risp qui..con dei consigli, del materiale, una scaletta guida di impostazione (il seminarionn deve superare i 30 min)..
vi prego, aiutatemi!!!
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Cittā: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
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elena0308
Utente Junior
Prov.: Pistoia
Cittā: pescia
207 Messaggi |
Inserito il - 10 gennaio 2007 : 23:47:31
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beh potresti andare su www.expasy.org e studiarti i tools sulla predizione di struttura proteica (secondaria e terziaria), poi scaricarti spdv : http://swissmodel.expasy.org/spdbv/text/download.htm
č un programmino che ti allinea sequenze di amminoacidi (la tua ignota con una proteina giā risolta) utilizzando quest'ultima come modello per omologia
Poi potresti cercarti qualche info sull'uso delle reti neurali per la predizione di struttura |
Rock hard ride free all your life |
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tommasomoro
Utente Junior
358 Messaggi |
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orcaimpetuosa
Utente Junior
234 Messaggi |
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miky76
Utente Junior
126 Messaggi |
Inserito il - 17 marzo 2009 : 17:34:10
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ciao
pongo qua la domanda
ma e' la stessa che sta scritta in domande comuni e risposte
solo che la risposta non l'ho trovata!
po esse che non ho letto bene
allora domandona da una che e' totalmente ignorante in materia e che litiga sempre con i programmi di bionformatica
Ho la sequenza di un proteina e ne vorrei conoscere la struttura terziaria. Come posso conoscere/predirre la strutt. terziarie di una proteina partendo dalla sequenza?
sapete di un programmino stupido... semplice da capire????
tipo metto sequenza e clicco un pulsante e mi da la previsione????
grazie mille |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Cittā: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 17 marzo 2009 : 18:19:55
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Citazione:
Messaggio inserito da miky76
ciao
pongo qua la domanda
ma e' la stessa che sta scritta in domande comuni e risposte
solo che la risposta non l'ho trovata!
po esse che non ho letto bene
Hai letto bene, solo che il topic non e' aggiornato!! 
Citazione:
allora domandona da una che e' totalmente ignorante in materia e che litiga sempre con i programmi di bionformatica
Ho la sequenza di un proteina e ne vorrei conoscere la struttura terziaria. Come posso conoscere/predirre la strutt. terziarie di una proteina partendo dalla sequenza?
sapete di un programmino stupido... semplice da capire????
tipo metto sequenza e clicco un pulsante e mi da la previsione????
grazie mille
Non é un problema banale: non é facile (e probabilmente possibile) prevedere l'effetto di ogni possibile legame alla struttura terziaria di una proteina, in parte per problemi di calcolo, e in parte per la mancanza di un modello perfetto.
Detto questo, il sistema che potresti usare é Swiss-model:
- http://swissmodel.expasy.org/
e in particolare, partire dalla sezione chiamata 'First approach mode':
- http://swissmodel.expasy.org/workspace/index.php?func=modelling_simple1
Il flowchart che ho postato prima illustra abbastanza accuratamente i passaggi che é necessario fare: swiss-model ne esegue automaticamente qualcuno. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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miky76
Utente Junior
126 Messaggi |
Inserito il - 18 marzo 2009 : 11:53:13
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ok grazie
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simcrist
Nuovo Arrivato
Prov.: Milano
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62 Messaggi |
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enaud
Nuovo Arrivato
3 Messaggi |
Inserito il - 05 luglio 2009 : 12:37:01
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per quanto riguarda il threading avete qualcosa? dispense, server, trumenti qualsiasi cosa... grazie |
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nessuno
Nuovo Arrivato
1 Messaggi |
Inserito il - 24 settembre 2009 : 12:11:18
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| salve a tutti ho un esame di biochimica cellulare dove la prof mi chiede il glut-sequenze di identificazione e tabella blosum 62.ringrazio tutti per la gentile collaborazione |
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predizione struttura proteine [seminario bioinf]
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