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cloudany
Nuovo Arrivato
17 Messaggi |
 Inserito il - 03 agosto 2012 : 10:41:25
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Buongiorno,
chiedo un grande aiuto da parte di questa comunità nell'installazione corretta di questo add-on per postgresql.
Il plug-in consiste nell'aggiunta di funzioni specifici per il mondo Bioinformatico nell'ambito dei DATABASE, ma veniamo al dunque;
il problema sorge proprio a monte ovvero nella sua installazione!
Ho seguito passo passo la documentazione di riferimento http://postbio.projects.postgresql.org/#installation
ma arrivato al punto make install esso mi dice COMANDO NON TROVATO , ed infatti se guardiamo nel codice sorgente del make notiamo che la direttiva install MANCA!
Non so se qualcuno di voi lo ha già installato, ma spero in qualche aiuto perchè non so più che pesci prendere e credetemi Google l'ho già spulciato a dovere.
La mia macchina è una Ubuntu 12.04 spero che possiate aiutarmi ad installarlo in questo sistema operativo ( anche se il sito non nomina nemmeno lontanamente Windows)
Grazie per l'aiuto.
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chick80
Moderatore
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11491 Messaggi |
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cloudany
Nuovo Arrivato
17 Messaggi |
Inserito il - 06 agosto 2012 : 10:03:33
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| Si è tutto installat oe presente correttamente |
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chick80
Moderatore
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cloudany
Nuovo Arrivato
17 Messaggi |
Inserito il - 06 agosto 2012 : 18:28:31
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| Si compila tutto regolarmente, non so se tu puoi fare una prova basta seguire il link http://postbio.projects.postgresql.org/#installation ed hai una idea del mio problema , seguendo passo passo le istruzioni non riesco ad installare nulla lo stesso. |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 06 agosto 2012 : 19:04:06
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Allora, ti dico cosa ho dovuto fare io, conta però che uso Fedora quindi magari non tutti i passaggi sono necessari per te
Facendo make di già mi dava un errore, non trovando il comando pg_config
Ho dovuto editare il Makefile per mettere il path corretto (nel mio caso /usr/bin/pg_config)
A questo punto mi dava un altro errore
Makefile:12: /usr/lib/pgsql/pgxs/src/makefiles/pgxs.mk: No such file or directory
make: *** No rule to make target `/usr/lib/pgsql/pgxs/src/makefiles/pgxs.mk'. Stop.
a cui ho ovviato installando postgresql-devel
Ho quindi rilanciato make, ha compilato tutto quanto e creato un file postbio.so, che ho potuto poi installare con
sudo make install
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cloudany
Nuovo Arrivato
17 Messaggi |
Inserito il - 07 agosto 2012 : 11:57:47
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Tutto perfetto tranno nell'ultimo make ecco l'errore:
/usr/bin/ld: fmindexV2/fm_index.a(fm_build.o): relocation R_X86_64_32 against `.rodata.str1.8' can not be used when making a shared object; recompile with -fPIC
fmindexV2/fm_index.a: could not read symbols: Bad value
collect2: ld returned 1 exit status
make: *** [postbio.so] Error 1 |
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chick80
Moderatore
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11491 Messaggi |
Inserito il - 07 agosto 2012 : 13:49:17
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hmmmm.... hai un sistema a 64bit forse?
Prova ad aggiungere quel flag al make.
Vai nella directory fmindexV2 e apri il makefile.
Alla linea 10 troverai
CFLAGS=-g -O9 -lm -fomit-frame-pointer -W -Wall -Winline -DDEBUG=0 -DNDEBUG=1
cambialo in
CFLAGS=-g -O9 -lm -fomit-frame-pointer -W -Wall -Winline -DDEBUG=0 -DNDEBUG=1 -fPIC
e vedi se funziona |
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cloudany
Nuovo Arrivato
17 Messaggi |
Inserito il - 07 agosto 2012 : 15:31:08
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| E' tutto andato alla perfezione!!! Grazie mille! |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
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cloudany
Nuovo Arrivato
17 Messaggi |
Inserito il - 07 agosto 2012 : 16:07:31
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| Comunque si è un 64 bit quindi chiunque legga tutto ciò, ho effettuato il tutto su una 64bit |
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