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ALLY
Nuovo Arrivato
3 Messaggi |
 Inserito il - 17 gennaio 2007 : 09:09:53
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Ciao a tutti..sn entrata nel mondo della bioinformatica recentemente e in maniera forzata..(nn ci capisco molto)..per¨° devo chiedervi una cosa che vi risulter¨°¨¤ sciocca o facilissima..
Potete spiegarmi passaggio x passaggio (tanto nn credo sia una cosa lunga) come si fa, una volta configuratosi il sito di blast Analizzare le sequenze delle due catene del DQ2 (qlo HLA responsabile della celiachia) e a trovare la percentuale di identit¨¤ di sequenza con quelle del
dimero DQ8??
Siate semplici e nn tralasciate nulla dandolo per scontato..per me niente ¨¨ scontato ..ora..vi prego davvero..fatemi capire qualcosa.
2)Leggendo un lavoro di una tesi ho letto ad un certo punto: ..."Precisamente noi abbiamo inserito un solo gap nell¡¯allineamento delle sequenze
relative alle catene ¦Á e nessuno per quello delle catene ¦Â"..un gap..cosa ¨¨?
perch¨¨ ¨¨ una cosa che, da quanto ho capito dal testo, pu¨° essere "SCELTA"?e' UNA SCELTA DI COMODO..DIPENDE DA ECRTI FATTORI??
grazie mille
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CIA
Utente Junior
Prov.: Padova
Città: Rivadolmo
233 Messaggi |
Inserito il - 17 gennaio 2007 : 11:19:17
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Sì sì, spiegate anche me ste robe del BLAST  please...  |
CIA
Se è verde o si muove, è biologia. Se puzza, è chimica. Se non funziona, è fisica.
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 18 gennaio 2007 : 00:07:16
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ohie,
a dire la verità alla prima domanda preferirei non rispondere, perché ci sono già centinaia di tutorial, a partire da quello ufficiale (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/producttable.shtml), a quelli identificabili con una ricerca (es. http://www.answers.com/main/ntquery?go_button.x=0&go_button.y=0&s=blast+bioinformatica+manuale+corso&ff=1), e, cosa più importante, gli strumenti bioinformatici sono importanti come quelli di laboratorio, e quindi se uno non li sa usare bene (e non si studia i manuali) rischia di fare degli errori senza accorgersene.
Cmq se qualcun altro vuole rispondere, meglio così..
Citazione:
2)Leggendo un lavoro di una tesi ho letto ad un certo punto: ..."Precisamente noi abbiamo inserito un solo gap nell'allineamento delle sequenze
relative alle catene alfa e nessuno per quello delle catene alfa..un gap..cosa è?
perchè è una cosa che, da quanto ho capito dal testo, può essere "SCELTA"?e' UNA SCELTA DI COMODO..DIPENDE DA ECRTI FATTORI??
Non ti preoccupare di questo, é una frase che prende un significato diverso a seconda del contesto.
Probabilmente gli autori stavano affinando a mano un allineamento multiplo di sequenze: ma per fare solo delle ricerche con blast, non avrai bisogno di fare questo. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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CIA
Utente Junior
Prov.: Padova
Città: Rivadolmo
233 Messaggi |
Inserito il - 18 gennaio 2007 : 09:52:57
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CIA
Se è verde o si muove, è biologia. Se puzza, è chimica. Se non funziona, è fisica.
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