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Discussione |
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iacsorr
Nuovo Arrivato
19 Messaggi |
 Inserito il - 27 agosto 2012 : 16:28:34
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Salve ragazzi.Secondo voi è possibile apportare un cambiamento di un amminoacida su una sequenza amminoacidica nota? Ottenendo un file .PDB
PS.ho provato Rasmol, Jmol e PDB ma non so farlo.Mi potreste aiutare?grazie
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 27 agosto 2012 : 16:49:47
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| Hmmm... puoi aprire il file .pdb in un qualsiasi editor di testo e cambiare l'aminoacido in questione a mano. |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 28 agosto 2012 : 13:04:18
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Citazione:
Messaggio inserito da chick80
Hmmm... puoi aprire il file .pdb in un qualsiasi editor di testo e cambiare l'aminoacido in questione a mano.
questa sarebbe una buona idea, ma dovresti avere un eccezionale percezione dello spazio per infilare le coordinate atomiche corrette 
Per cambiare singoli residui io di solito uso il tool di mutagenesi offerto con PyMol http://www.pymolwiki.org/index.php/Mutagenesis, ma si può fare anche con altri tool come swisspdb o chimera. Il tool ti propone una serie di rotameri possibili mettendo in evidenza i possibili clash con gli amminoacidi adiacenti. Non è il massimo della precisione, biognerebbe poi raffinare la struttura, ma sicuramente ti dà un'idea se la sostituzione che vuoi introdurre apporterebbe cambiamenti drastici.
Se parli invece di cambiare un intero stretch da una sequenza originale, il discorso si complica leggermente, ma questo lo tengo in caldo per un post successivo  |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
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atreliu
Amministratore
Prov.: Milano
Città: Milano
2484 Messaggi |
Inserito il - 28 agosto 2012 : 15:17:24
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| Io avevo pensato a MOE, che dici korda: sarebbe possibile, vero? |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 28 agosto 2012 : 16:52:57
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Citazione:
Messaggio inserito da atreliu
Io avevo pensato a MOE, che dici korda: sarebbe possibile, vero?
Si, anche MOE andrebbe bene (a parte il prezzo), ma sarebbe come comprare una Lamborghini per fare il giro dell'isolato  , ovviamente c'è chi lo farebbe. C'è anche chi preferirebbe farlo invece con una Ferrari: visto che si sta parlando di Schroedinger (purtroppo per PyMol), perchè non usare Maestro?! |
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Rasmol, PDB ...
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