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MariBi
Utente Junior



170 Messaggi

Inserito il - 19 gennaio 2007 : 13:13:10  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di MariBi Invia a MariBi un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao a tutti!
Sto cercando delle informazioni (funzioni,localizzazione intra-cellulare,presenza in quali tipi di organismi,etc) sulle seguenti classi di domini di proteine:
-idrolasi
-aldolasi di classe I
-Regolatori dell'apoptosi Bcl-x
Sapreste darmi qualche suggerimento su dove reperirle o darmi qualche indicazione?
Grazie

Dionysos
Moderatore

D

Città: Heidelberg


1913 Messaggi

Inserito il - 19 gennaio 2007 : 13:55:05  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Dionysos  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di Dionysos Invia a Dionysos un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Sui regolatori dell'apoptosi Bcl-X ho trovato un bel po' di
cose semplicemente googlando, se vuoi posso incollarti qualcosa
altrimenti...fai una ricerca!

Nel caso ti servisse per una ricerca, i domini comuni della
famiglia di Bcl sono sempre quattro (BH1, BH2, BH3, BH4)
e vale sia per Bcl-2 che per tutte le varianti di
splicing alternativo di Bcl-X (Bcl-XL, Bcl-XS,ecc.)

Volere libera : questa é la vera dottrina della volontà e della libertà
(F.W. Nietzsche)

Less Jim Morrison, more Sean Morrison!


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MariBi
Utente Junior



170 Messaggi

Inserito il - 19 gennaio 2007 : 18:55:43  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di MariBi Invia a MariBi un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ovviamente prima di rivolgere qui la domanda ho già googlato!
Cercavo, magari esiste, uno strumento informatico dove reperire organicamente e sinteticamente le informazioni. Mi occorrono sapere giusto pochi elementi informativi su ogni gruppo! Grazie!
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MariBi
Utente Junior



170 Messaggi

Inserito il - 23 gennaio 2007 : 20:07:41  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di MariBi Invia a MariBi un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Esite un DB nel quale inserire il nome di una classe di proteine ed avere delle informazioni generali, come l'elenco di tutti gli organismi dove è possibile rintracciare la proteina in esame?
Scusate se sono ritornata sulla domanda, ma sarebbe per me importante riuscire a trovarlo!
Grazie
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dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 26 gennaio 2007 : 12:24:38  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
si si ho capito, stavo solo facendo finta di non aver visto.

Attenzione a non confondere Proteine con Domini etc.

Per le proteine puoi guardare Uniprot: http://www.ebi.uniprot.org/uniprot-srv/uniProtView.do?proteinId=BCLX_HUMAN&pager.offset=0 , http://www.ebi.uniprot.org/index.shtml

Per i domini esistono diversi database, PFAM (http://www.sanger.ac.uk//cgi-bin/Pfam/getacc?PF00452, http://www.sanger.ac.uk/Software/Pfam/ ), e PROSITE (http://www.expasy.ch/cgi-bin/nicedoc.pl?PDOC00829 , http://www.expasy.ch/prosite/)
Quello che cambia tra i due e' il metodo in cui vengono rappresentati i domini in forma elettronica, prosite usa un sistema piu' semplice basato su stringhe, Pfam uno sulle hmm.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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MariBi
Utente Junior



170 Messaggi

Inserito il - 26 gennaio 2007 : 13:53:50  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di MariBi Invia a MariBi un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Grazie sei stato gentilissimo a rispondermi, dopo che hai VISTO!!
Purtroppo ho già provveduto da 2 giorni a trovare quelle informazioni, senza l'ausilio di un DB! Ovviamente ora approfondisco con questi nuovi ausili!
P.S. Conosco bene la differenza tra proteine e domini, alla seconda rchiesta ho cercato di allargare il campo....
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dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 26 gennaio 2007 : 19:16:57  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ohi

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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