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cin
Utente Junior
Prov.: Padova
Città: Padova
558 Messaggi |
 Inserito il - 24 gennaio 2007 : 17:29:19
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Sapevo che prima o poi sarei venuta a chiedervi aiuto anche qui,ora è arrivato quel momento.
Sto cominciando ad imparare l'allineamento, il sovrapponimento di due sequenze (se non erro si dice che faccio il BLAST): quella del gene wild type con la mia sequenza ipoteticamente mutata che ottengo dal sequenziatore visualizzandolo con il CHROMAS.
Mi chiedo voi cosa fate a questo punto? Qual'è l'iter che seguite?
Grazie
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 24 gennaio 2007 : 17:45:17
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Una volta che hai ottenuto la sequenza dal sequenziatore ci puoi fare molte cose - il punto piu' immediato e' quello di confrontarla con i genomi e le seq. gia' conosciute per sapere se e' gia' stata pubblicata e se ci sono gia' informazioni su di essa, o su di una simile.
Poi puoi fare di tutto, dalle previsioni sulla struttura secondaria, al confronto con le EST e alla predizione di fenomeni di splicing alternativo, o di altri meccanismi di regolazione...
Personalmente in questi giorni sto studiando questo software: http://taverna.sf.net che permette di sviluppare dei protocolli per l'analisi bioinformatica, e che ti potrebbe essere utile.
Purtroppo al momento credo che sia di gran lunga troppo difficile da usare per chi ha poca esperienza.. ci sono molti concetti da conoscere a priori (ed e' pieno di bug).
Se vuoi un consiglio, ti conviene chiedere a qualche bioinformatico di occuparsi del lavoro e di darti una mano... Se vuoi fare le cose di persona ti divertirai un sacco ma ti portera' via un po' di tempo. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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valia
Moderatore
Prov.: UK
1001 Messaggi |
Inserito il - 24 gennaio 2007 : 17:53:29
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Bhe, oserei aggiungere che la parte del divertimento è del tutto soggettiva   |
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Fil23
Utente Junior
Prov.: estero
Città: London
238 Messaggi |
Inserito il - 24 gennaio 2007 : 18:21:03
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Ciao,
dunque non e' esatto dire che fai il BLAST...si dice usi BLAST (anche xke' esistono altri strumenti che fanno quello che fa BLAST) BLAST significa Basic Local Alignment Search Tool, cioe' e' 1 strumento che ti ricerca allinemaneto locale...cioe' tu gli dai 1 sequenza e lui cerca nella banca dati selezionata tutte le sequenza simili. Puoi variare le caratteristiche dell'allineamento variando gli algoritmi usati dal programma.
Io nn ho capito bene la tua situazione...mi spiego: tu sai che il tuo e' un mutante? Sai di chi e' il mutante? Se si, sai che funzione ha il wild type? Sai che difetto porta il mutante?
Se sai chi e' il wild type non devi usare BLAST, ma devi fare un semplice allineamento binario fra 2 sequenze...che e' diverso dall'usare BLAST.
Una volta che sei sicura di avere un mutante usare blast e' un'ottima idea...come diceva dallolio devi controllare se la tua e' una seq originale o se c'e' gia' qualcuno che ci ha lavorato sopra. Se poi la tua e' una seq genica, controlla che prodotto proteico codifica, e controlla se la proteina e' un mutante a sua volta, o se la mutazione nel gene e' silente.
Se per caso la prot. codificata e' un mutante, controlla ancora tramite blast se hai un prodotto originale o se gia' altri ci hanno lavorato sopra.
Cosa fare dopo?!?
Bhe sicuramente dipende dalla funzione della proteina.
A seconda di quante e di dove sono localizzate le mutazioni nella proteina, puoi intraprendere la strada del modelling per omologia e della predizione di struttura secondaria e terziaria. Ma attenta xke' le predizioni di strutture di mutanti son difficili, xke' se la mutazione cade in punti funzionalmente e/o strutturalmente importanti ci vuole una certa esperienza nel capire l'affidabilita' del modello.
Da un punto di vista bioinformatico nn saprei che altro dirti, xke' su un wild type di nuova scoperta di cose da fare cene sono tante, ma su un mutante e' piu' interessante uno studio in laboratorio di caratterizzazioni funzionali e strutturali. |
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cin
Utente Junior
Prov.: Padova
Città: Padova
558 Messaggi |
Inserito il - 24 gennaio 2007 : 18:24:26
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In effetti mi sono spiegata male, avrei dovuto chiedervi come fate a fare il blast, quale procedimento seguite per poi arrivare infine al confronto con le EST o altro.
Nel forum ho trovato questohttp://www.molecularlab.it/bioinformatica/similarita_banche_dati.asp
e un pò mi ha aiutata,ma in questo caso partono dalle proteine, io parto dai nucleotidi.
Citazione:
tu sai che il tuo e' un mutante? Sai di chi e' il mutante? Se si, sai che funzione ha il wild type? Sai che difetto porta il mutante?
Se sai chi e' il wild type non devi usare BLAST, ma devi fare un semplice allineamento binario fra 2 sequenze...che e' diverso dall'usare BLAST.
Come fate a fare ciò? Che programmi usate? Qual'è il modo giusti per usarli?
Citazione:
Una volta che sei sicura di avere un mutante usare blast e' un'ottima idea...come diceva dallolio devi controllare se la tua e' una seq originale o se c'e' gia' qualcuno che ci ha lavorato sopra. Se poi la tua e' una seq genica, controlla che prodotto proteico codifica, e controlla se la proteina e' un mutante a sua volta, o se la mutazione nel gene e' silente.
OK, tutto giusto,ho capito, ma come faccio????????? Anche qui, quale strada seguo?
Citazione:
A seconda di quante e di dove sono localizzate le mutazioni nella proteina, puoi intraprendere la strada del modelling per omologia e della predizione di struttura secondaria e terziaria. Ma attenta xke' le predizioni di strutture di mutanti son difficili, xke' se la mutazione cade in punti funzionalmente e/o strutturalmente importanti ci vuole una certa esperienza nel capire l'affidabilita' del modello.
Al punto sopra citato sarà molto difficile che io vi arrivi.....
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Fil23
Utente Junior
Prov.: estero
Città: London
238 Messaggi |
Inserito il - 24 gennaio 2007 : 18:40:43
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| E' uguale, segui quelle istruzioni, invece di usare BLASTp usi un altro tipo di BLAST: BLASTn se parti da nucleotidi e cerchi nei data base di nucleotidi, oppure BLASTx se parti da nucleotidi e cerchi contro database di proteine. |
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valia
Moderatore
Prov.: UK
1001 Messaggi |
Inserito il - 24 gennaio 2007 : 19:14:36
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Per la seconda domanda...
http://www.expasy.ch/tools/dna.html
Qui puoi tradurre la tua sequenza genica in proteina. Poi basta che la allinei con la proteina wt per vedere se la mutazione è silente o meno... |
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cin
Utente Junior
Prov.: Padova
Città: Padova
558 Messaggi |
 Inserito il - 25 gennaio 2007 : 18:11:06
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| grazie ragazzi |
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hurricane86
Nuovo Arrivato
50 Messaggi |
Inserito il - 23 aprile 2011 : 00:54:07
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Inserisco qui la domanda dato che già si parla di Chromas, e la funzione cerca non mi ha fornito risposta...
voi vi fidate della sequenza che esce o guardate più i picchi correggendo le basi che vengono lette in modo diverso dalla vostra interpretazione?
quando avete i doppi picchi come fate a capire se si tratta di un polimorfismo in eterogizosi o è una schifezza?
inoltre molto sposso mi si formano delle "code" cioè il picco della C "si espande" e forma gobbette anche nella basi vicine, spesso chormas capisce da solo che è una coda altre no....oppure i picchi si allargano tanto e non sò più se fidarmi di quello che cromas legge ne se interpretare un picco come una singola base o due vicine....
ho appena iniziato ad analizzare cromatogrammi
ed
ho dei pazienti di cui devo analizzare le sequenze e capire dove diavolo (e SE) è cannato il loro gene! (un gene di 60 esoni....una passeggiata -.-)
eeee... nel caso di frameshift dove chromas inizia a dire (ovviamente>) NNNNNNN visti i picchi accavallati, voi come vi comportate? Ancora una volta mi trovo in difficoltà a capire quando è frameshift dovuto a delezione/inserzione o quando vedo casino perchè la sequenza è una ca**a....
help!
grazie in anticipo! |
Think I'll lose my mind if I don't find something to pacify
....muore lentamente chi non esplora cio che non conosce.... |
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