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Autore Discussione  

alexenri
Nuovo Arrivato



4 Messaggi
Inserito il - 08 ottobre 2012 : 15:38:53  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di alexenri Invia a alexenri un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Sto preparando l'esame di bioinformatica e tra le possibili domande ce n'è una che chiede cos'è AGAL_HUMAN.
a)una proteina in swissprot
B)un gene di Embl
C)una struttura cristallografica in pdb
Cercando un pò in rete (visto che negli appunti del corso nn ce n'è traccia) mi è sembrato di capire che la risposta esatta è la a, quindi una proteina in swissprot. Però ho trovato anche delle strutture cristallografiche con quel nome quindi sono confusa...qualcuno può chiarirmi le idee? Grazie in anticipo.

Geeko
Utente

Ctenophor1.0

Città: Milano


1043 Messaggi
Inserito il - 08 ottobre 2012 : 15:49:17  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Geeko Invia a Geeko un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Sì, è il nome dell'entry di swissprot. Qui il discriminante è il formato in cui è scritta, tutte le entry di swissprot hanno questo tipo di formato con il nome della proteina separato dalla specie di derivazione da una barra bassa " _ "

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kORdA
Utente Attivo

newkORdA

Prov.: Milano
Città: Monza


1303 Messaggi
Inserito il - 08 ottobre 2012 : 15:59:33  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di kORdA  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di kORdA Invia a kORdA un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Che razza di domanda... sei sicuro/a che il gene si chiami AGAL?
Perchè l'alfa-galattosidasi si chiama AGAL in Arabidopsis, nell'uomo mi sembra si chiami GLA o GALA http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/2717.
In ogni caso io ho trovato almeno una struttura depositata (1R47) e sicuramente su Uniprot la sequenza è depositata
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada
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alexenri
Nuovo Arrivato



4 Messaggi
Inserito il - 10 ottobre 2012 : 12:04:38  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di alexenri Invia a alexenri un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Grazie mille a entrambi. Volevo approfittare per chiedere anche un aiuto nel calcolo del punteggio di un allineamento. Per vedere se ci ho capito qualcosa!
La domanda è: se utilizziamo uno scoring system in cui identità vale 1, apertura gap -10 e estensione gap -1.
l'allineamento
ATGGATT
A-G--CT

vale:
a)+20
B)-20
C)+3
D)0

il calcolo che ho fatto io mi ha dato -20 perchè ho fatto:
3x1-2x10-3x1
in pratica 3 è il numero delle identità x1 che è il valore dato alle identità.
le aperture di gap sono 2 e valgono -10 quindi -2x10.
poi 3 sono il numero di gap x -1 che è il loro valore.
quindi è la b giusto?
Grazie ancora
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