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Asator
Nuovo Arrivato
9 Messaggi |
 Inserito il - 16 novembre 2012 : 17:50:27
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Ciao, ho un problema di analisi dati. Ho effettuato un'analisi di espressione genica in due condizioni (controllo e trattato). Oltre al trattamento c'é un'altra variabile da considerare, cioé il tempo: ho raccolto i campioni a 4 differenti time point. Quindi, quello che voglio vedere é in pratica se il trattamento ha effetto sull'espressione genica e se questo effetto varia nel tempo. Normalmente userei l'ANOVA univariata, peró ho controllato i dati e per alcuni dei geni che sto studiando le varianze non sono omogenee (secondo il test di Levene), quindi niente ANOVA.
Che test mi consigliate? Io uso SPSS e mi chiedevo quale test non parametrico sia piú conveniente usare. Esiste un test che mi dia informazioni anche sull'interazione tra fattori (nel mio caso trattamento*timepoint) come fa l'ANOVA univariata?
Grazie in anticipo dell'aiuto!
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TMax
Utente Junior
Prov.: BG
Città: Capriate
270 Messaggi |
Inserito il - 17 novembre 2012 : 08:05:41
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gli assunti di normalità, omoschedasticità e indipendenza vanno verificati sui residui del modello dell'analisi della varianza non sui dati osservati nei vari gruppi.
fai il modello di anova e verifica questi assunti con i test diagnostici che ti offre spss....
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Asator
Nuovo Arrivato
9 Messaggi |
Inserito il - 17 novembre 2012 : 19:21:23
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Puoi spiegarmi come fare questa analisi sui residui dei miei dati?
Grazie mille della precisazione comunque, questo rende tutto più semplice |
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TMax
Utente Junior
Prov.: BG
Città: Capriate
270 Messaggi |
Inserito il - 19 novembre 2012 : 08:33:04
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Ciao,
non ho idea di come faccia Spss ...
ma immagino che tra le varie finestre di dialogo dell'anova ci deve essere qualcosa che riguarda la 'diagnosi' dei residui
facendolo a mano dovresti fare un semplice modello lineare con la tua variabile dipendedente come y e la variabile gruppi come x e poi cercare sempre nei meandri di spss, la possibilità di salvare la serie dei residui che dovrebbe essere una colonna con un numero di righe pari alle osservazioni con dentro dei numeri pos e neg ...
dopo usi quella colonna come una qualsiasi variabili e ci fai tutti i test che vuoi per vedere la normalità omogeneità ecc...
Max
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
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Asator
Nuovo Arrivato
9 Messaggi |
Inserito il - 07 maggio 2013 : 19:11:41
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Ciao a tutti, recupero questa vecchia discussione perchè continuo ad avere dei dubbi
Vorrei calcolare manualmente come i residui dei miei dati per assicurarmi che siano normalmente distribuiti. Vorrei farlo a mano per essere certo di aver capito, qualcuno può spiegarmi come? In giro avevo trovato una formula per calcolare il residuo, purtroppo non mi sono salvato il link e non me la ricordo con precisione...era qualcosa del genere
Xi = Media complessiva + (media complessiva - media gruppo) + residuo
Dalla quale si può ovviamente risalire facilmente al residuo. Però non sono troppo sicuro che questa formula sia corretta.
Ringrazio da subito per l'aiuto! |
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Glubus
Utente Junior
156 Messaggi |
Inserito il - 08 maggio 2013 : 15:47:57
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Mi sembra ci sia un po' di confusione: non puoi usare l'ANOVA univariata perché sei in presenza di DUE criteri di classificazione (tratatmento e tempo).
La faccenda della omogeneità delle varianze non è chiara: non sono omegenee fra trattamenti, fra tempi o nei residui: ad esempio si nota un aumento della varianza con il livello di Y (la variabile dipendente)? Come già detto tante volte in questo forum fare i test di normalità e di omoschedasticità PRIMA di fare questo tipo di analisi (regressione, ANOVA, ...) è come bruciarsi la barca prima di partire.
Altro punto: le osservazioni sono indipendenti (o sono osservazioni longitudinali, ossia ripetute nel tempo sulle stesse unità di osservazione/soggetti)? In questo ultimo caso la faccenda è un bel po' più complessa.
Io penserei comunque al problema come una analisi della covarianza e modellerei il tempo in modo continuo, se possibile, in un modello di regressione lineare. In questo modo sarà semplice ottenere un test sulla interazione ed anche una indicazione sulla sua grandezza(importanza).
GB
Citazione:
Messaggio inserito da Asator
Ciao, ho un problema di analisi dati. Ho effettuato un'analisi di espressione genica in due condizioni (controllo e trattato). Oltre al trattamento c'é un'altra variabile da considerare, cioé il tempo: ho raccolto i campioni a 4 differenti time point. Quindi, quello che voglio vedere é in pratica se il trattamento ha effetto sull'espressione genica e se questo effetto varia nel tempo. Normalmente userei l'ANOVA univariata, peró ho controllato i dati e per alcuni dei geni che sto studiando le varianze non sono omogenee (secondo il test di Levene), quindi niente ANOVA.
Che test mi consigliate? Io uso SPSS e mi chiedevo quale test non parametrico sia piú conveniente usare. Esiste un test che mi dia informazioni anche sull'interazione tra fattori (nel mio caso trattamento*timepoint) come fa l'ANOVA univariata?
Grazie in anticipo dell'aiuto!
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Asator
Nuovo Arrivato
9 Messaggi |
Inserito il - 08 maggio 2013 : 17:15:01
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Ovviamente quello che dici è giusto, ho dimenticato un "particolare": la nuova analisi che sto effettuando riguarda l'espressione di una famiglia di geni in diverse cultivar di melo. Ho preso una di queste cultivar come riferimento e cerco eventuali differenze nelle altre rispetto a questa. Quindi si può dire che il "trattamento" sia il genotipo della pianta in esame. Tutti i dati sono indipendenti, trattandosi di campioni estratti da piante diverse.
Sulle varianze omogenee ho risolto: semplicemente test di Levene e poi scelgo gli adeguati test post-hoc in base al risultato. Il problema ora sta nella distribuzione dei dati (o meglio, dei residui). Non so come calcolare i residui e quindi ho difficoltà a fare i test adeguati. Per ora quello che faccio è analizzare i dati per distribuzione e omogeneità delle varianze. Se non soddisfano i requisiti effettuo una trasformazione logaritmica (quasi sempre necessaria) e ripeto. Se ancora i requisiti non sono soddisfatti, dovrei passare ad analizzare i residui e, come dicevo, qui casca l'asino perchè 'sti benedetti residui non so come calcolarli |
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TMax
Utente Junior
Prov.: BG
Città: Capriate
270 Messaggi |
 Inserito il - 08 maggio 2013 : 22:57:03
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Ciao,
non ti ostinare a fare una analisi della varianza classica.
Adatta un modello lineare e qualsiasi software ti restituisce la serie dei residui su cui fare le analisi. Anzi direi che la maggior parte dei software ti restituisce direttamente un panel di test diagnostici del modello basato sui residui
Max |
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Discussione |
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Che test al posto dell'ANOVA, se la varianza non é omogenea?
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