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The first Ramachandran plot was calculated just after the first protein structure at atomic resolution was determined (myoglobin, in 1960), although the conclusions were based on small-molecule crystallography of short peptides. Now, many decades later, there are tens of thousands of high-resolution protein structures determined by X-ray crystallography and deposited in the Protein Data Bank (PDB).

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Messaggio inserito da AntonioSillo

Ciao! Grazie per la risposta!
In pratica in un esame di chimica computazionale ho studiato le conformazioni ammesse per una molecola di cicloesano. Mi scelsi due angoli diedri e poi mi calcolai con un software quanto meccanico le energie potenziali in funzione delle combinazioni di questi due angoli diedri ottenendo così una PES con massimi e minimi. I minimi rappresentavano le zone in cui era più probabile trovare il cicloesano.
La questione che mi chiedo è questa: nel grafico di ramachandran il discorso è sempre lo stesso? Cioè si prende ciascun amminoacido, si scelgono i due angoli diedri, si fa la computazione, si ottiene la PES e poi si rappresenta quella PES in 2D scegliendo un opportuno piano di taglio?

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Messaggio inserito da chim2
[...]"poi fa il contour-plot ma sempre 3D si tratta solo che "ti fa vedere la superficie dall'alto",variando gli angoli sistematicamente a un incremento fisso di angolo,poi minimizza.

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Messaggio inserito da kORdA

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Messaggio inserito da chim2
[...]"poi fa il contour-plot ma sempre 3D si tratta solo che "ti fa vedere la superficie dall'alto",variando gli angoli sistematicamente a un incremento fisso di angolo,poi minimizza.

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Non mi è chiara questa risposta...

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