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janisfree
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 Inserito il - 12 gennaio 2013 : 11:16:11
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Sto eseguendo un'analisi bioinformatica della proteina PAPSS 2 identificata a partire dalla sua sequenza amminoacidica con PSI-BLAST. Mi risulta che sia formata da due domini, l'APS chinasico e il SAT lunghi rispettivamente 200 e 400 residui circa. Nella ricerca della struttura 3d ho scoperto che esiste il file pdb solo per il primo dominio che risulta formato da 4 catene, ciascuna lunga 198 amminoacidi... come è possibile?? C'è qualcuno che cortesemente sa dirmi come devo interpretare questi dati?
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kORdA
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Inserito il - 12 gennaio 2013 : 15:12:49
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| Così su due piedi non ti saprei rispondere, hai letto l'articolo relativo al file PDB che hai preso in considerazione? Se ci fornisci il codice PDB potremmo esserti più di aiuto... |
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janisfree
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Inserito il - 13 gennaio 2013 : 09:30:53
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hai ragione, sono stata un po' troppo generica nel darvi le informazioni: dunque io sono partita da una sequenza amminoacidica che mi è stata assegnata e da lì sono risalita al nome della proteina che ha codice uniprot O95340. é formata da due domini uno chinasico di circa 198 residui e uno Sulfate adenylyltransferase di circa 400 residui. Infatti da psi blast m risulta che la lunghezza totale della proteina sia 614 AA.
Sono passata poi all'analisi strutturale e qua cominciano i problemi: ho trovato cristallografato sono il dominio chinasico che ha codice PDB: 2ax4 e risulta formato da 4 catene (a,b,c,d) che da quelle che ho capito si associano a due a due a formare un dimero per poi associarsi a formare un omodimero. Il problema è che dai risultati che ho ottenuto con RCSB e Cath le catene mi risultano lunghe ciascuna 198 AA?? ma questa è la lunghezza dell'intero dominio! non ci capisco nulla |
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kORdA
Utente Attivo
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Inserito il - 13 gennaio 2013 : 11:06:21
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Sei caduta in uno di quegli sfortunati casi in cui gli autori depositano la struttura prima di pubblicare 
Non capisco però il tuo disappunto, nel cristallo è risolto il solo dominio chinasico (che sembrerebbe dimerizzare). Onestamente non conosco il protocollo che gli autori hanno usato, ma può essere che hanno purificato una proteina ingegnerizzata con quel solo dominio oppure hanno clivato/digerito l'altro...
Probabilmente non è possibile cristallizzare la proteina intera. Dov'è il problema? |
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janisfree
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Inserito il - 13 gennaio 2013 : 11:18:08
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| il dominio chinasico mi risulta essere lungo circa 200 aa e formato da 4 catene. Ma se ogni catena è lunga 198 aa, 198*4= 792 , come può il dominio chinasico essere lungo solo 200 aa? |
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kORdA
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Inserito il - 13 gennaio 2013 : 16:04:02
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| Il dominio chinasico su UniProt (O95340) è annotato per i residui 1-210. La struttura cristallografica 2AX4 è risolta per il range di residui 21-218. L'unità di cella è composta da due coppie di domini, ognuno dei quali sembra dimerizzare nella forma del cristallo. Mi sembra sia tutto a posto, non c'è nulla di strano. Poi effettivamente non ti saprei dire se il dimero sia soltanto un artefatto di cristallizzazione o se in qualche modo possa riflettere una condizione fisiologica |
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kORdA
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Inserito il - 14 gennaio 2013 : 11:59:29
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aaaah... forse ho capito cosa intendi dire, scusami 
Non conosco nello specifico questa proteina, ma credo che il dominio chinasico nella sua interezza sia di 200 reisidui circa e non di 800. Nel file PDB vedi quattro catene, sono 4 domini chinasici distinti. La singola biomolecola è costituita da una coppia di catene ma, per ragioni di simmetria, nella cella unitaria sono presenti due dimeri. Ci sarebbe da fare un lungo discorso se i due dimeri interagiscono esclusivamente per la formazione del cristallo o se ci sia una reale interazione biologica. Perchè poi due domini chinasici dimerizzano non ti so dire, d'altra parte l'articolo inerente a questa struttura non c'è ancora. Dovresti cercare un po di letteratura correlata e/o i templati che hanno usato per costruire i modelli di omologia (es. 2OFX o 1XNJ, per questi ci sono articoli) |
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janisfree
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Inserito il - 23 gennaio 2013 : 10:43:59
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ok grazie  |
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Analisi bioinformatica di una proteina
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