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Ceratophrys
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2 Messaggi

Inserito il - 13 ottobre 2013 : 21:57:39

cari colleghi,
io sto per approcciarmi all'analisi bioinformatica e devo fare in modo pù o meno faidate.
Il mio problema è che ho dei dati di espressione di microarray di tutta una serie di geni e dovrei cercare di classificarli magari in base ai ruoli biologici (es: trascrizione, trasduzione del segnale, metabolismo etc)
Avete consigli o suggerimenti al riguardo?

Grazie 1000

chick80
Moderatore

Città: Edinburgh

11491 Messaggi

Inserito il - 14 ottobre 2013 : 07:48:35

Un possibile approccio è quello di utilizzare Gene Ontology.

Non è esattamente il mio campo, quindi magari qualcuno di più esperto potrà darti indicazioni più precise... ma ad es. una veloce ricerca in Google per "GO clustering" mi ha fatto trovare questo:

http://www.gitools.org/

Ribadisco, non so se funzioni bene, non so se ci siano programmi standard per fare questo tipo di analisi etc., ma può essere un buon punto di partenza

Oppure, se sai usare R ci sono dei pacchetti in bioconductor che sono fatti apposta, ad es topGO:

http://www.bioconductor.org/packages/2.12/bioc/vignettes/topGO/inst/doc/topGO.pdf

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