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Bowtie2 TopHat SAMtool RNA-seq

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Giffredo
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92 Messaggi

Inserito il - 16 febbraio 2014 : 17:18:15

Ciao a tutti,

Lavoro su un progetto di RNA-seq su organismo vegetale.
Uso Bowtie2 and TopHat come tools per allineare le reads ricavate da un sequenziamento ion proton. Da entrambi ottengo output file in SAM/BAM e da questi output riesco ad avere una visione grafica usando IGV.

Quello che mi interessa è capire la differenza tra Bowtie2 e TopHat (conosco la loro differenza del risultato di uno e dell'altro ma non capisco come avviene l'allignment) La seconda domanda più importante e causa dell'apertura di questa discussione è: a cosa serve e come agisce SAMtool?

Grazie
P.S. sono più che graditi anche spunti di riflessione se non si hanno risposte. Ho letto molto sull'argomento, ma non riesco a farmi un'idea chiara di come funzionano questi tools.