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Autore

Discussione

Silvia_2007
Nuovo Arrivato

6 Messaggi

Inserito il - 10 novembre 2014 : 20:59:20

Ciao a tutti,
devo eseguire un paragone tra strutture proteiche virali e conseguentemente devo scaricare tutte queste strutture depositate nel PDB. So che il sito del PDB offre la possibilità di effettuare una ricerca avanzata..quindi ho provato a scrivere "capsid proteins" nel campo "text field" come query type e a settare come soglia 30% per l'identità di sequenza, in modo da prendere solo le strutture più rappresentative e rimuovere le ridondanze.. ma il risultato sono tantissime strutture (una 50 di pagine), tra cui anche complessi tra proteine eucariotiche e peptidi virali non utili per la mia analisi..conseguentemente non posso creare una lista delle strutture da scaricare sulla base di questa ricerca, a meno che controllo tutte le strutture manualmente..Conoscete un modo/procedura per ricercare-selezionare-scaricare le proteine di interesse che hanno specifici requisiti (tipo %di identità, minima lunghezza di amminoacidi e cosi via)?

Grazie mille

kORdA
Utente Attivo

Prov.: Milano
Città: Monza

1303 Messaggi

Inserito il - 12 novembre 2014 : 15:53:14

chemme*da sta mania di voler rinnovare le grafica di servizi web così tanto usati! Uno non fa tempo ad adattarsi e capire come funzionano le cose che zack! ti cambiano il modo di visualizzarle >:-(

Tornando a noi, pare che sul Protein Data Bank sia sopravvissuta la RESTful Web Service interface (http://www.rcsb.org/pdb/software/rest.do).

Io usavo quella per fare ricerche più raffinate, ma bisogna perderci un pochino di tempo e pazienza per capire come scrivere lo script XML giusto.

Buona fortuna

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada