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Autore

Discussione

biomolecola
Nuovo Arrivato

Prov.: Napoli
Citt�: Napoli

40 Messaggi

Inserito il - 16 marzo 2007 : 10:51:45

Ciao ragazzi,
ho nuovamente bisogno del vostro indispensabile aiuto.
Ho trovato una nuova mutazione missenso in un gene e vorrei vedere la differenza tra la struttura tridimensionale wild type e quella con la mutazione missenso.
La mia domanda � la seguente: esiste qualche tool on-line o qualche programma che si pu� scaricare gratuitamente che mi consente di introdurre la sequenza aminoacidica e mi mostri la struttura tridimensionale della proteina?
Vi ringrazio anticipatamente.

W la ricerca

biomolecola
Nuovo Arrivato

Prov.: Napoli
Citt�: Napoli

40 Messaggi

Inserito il - 16 marzo 2007 : 12:54:40

Ho provato ad installare Modeller ma mi apre una finestra in ms/dos...AIUTO!!!

W la ricerca

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Citt�: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 16 marzo 2007 : 13:03:09

Ecco una buona domanda per le FAQs.

Predirre la struttura terziaria di una proteina partendo dalla sequenza non � per niente semplice, c'� da studiare parecchio (purtroppo

).

Prova a vedere nei topic in archivio, per esempio questo: http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=2680&SearchTerms=,struttura,proteina
Io credo che il workflow in http://www.russell.embl-heidelberg.de/gtsp/flowchart2.html sia piuttosto utile, ma non me ne intendo pi� di tanto.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)

tommasomoro
Utente Junior

358 Messaggi

Inserito il - 16 marzo 2007 : 19:26:19

domanda uno?

hai la struttura 3D del wild type?
se ce l'hai bast scaricarti wincoot e mutare il singolo aa e'
facilissimo (modeller mi sa che a senso per piu' di un a mutazione ed in presenza di deleioni domini simili)

se non hai la struttura 3D affitta u cristallografo
ce ne sono tanti orfani (me compreso)
il costo medio per una struttura si aggirava un paio d'anni
fa intorno ai 100.000$ dati BBSRC quindi spero tu sia
fortemente finanziato e abbia molta pazienza non tutte le strutture vengono col buco

in alternativa prova il ROBETTA server
con una mia proteina c'e' andato molto vicino
ma dipende dagli omologhi paraloghi already solved
http://robetta.bakerlab.org/documents/index.jsp

facci sapere