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CIA
Utente Junior
Prov.: Padova
Città: Rivadolmo
233 Messaggi |
 Inserito il - 16 marzo 2007 : 11:45:12
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Devo fare l'esame di Bioinfo ed il prof è stato proprio una frana!!!
Quindi, chiedo un aiutino da voi se potete: vi posto 5 domande, spero mi possiate aiutare 
1) Quali variabili inseriresti in Perl per imagazzinare una malattia genetica e le sue caratteristiche?
Fai alcuni esempi
2) Scrii un psudo-codice che definisca un mRNA
3) Quali sono le differenze tra FASTA e GenBank?
(Questa la so, ma voglio vedere che non abbia capito una cosa per un'altra!  )
4) Come si fa a fare una query in NCBI Entrez?
5) Quali sono le differenze tra similarità ed omologia
(Dovrei apere anche questa, ma cm sempre n mi fido  )
DANKE a tutti!
Speo mi aiutate
Ciao 
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CIA
Se è verde o si muove, è biologia. Se puzza, è chimica. Se non funziona, è fisica.
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ciottolina
Nuovo Arrivato
Prov.: Varese
Città: varese
35 Messaggi |
 Inserito il - 22 marzo 2007 : 12:46:51
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| allora io ti posso solamente dire che la similarità è un carattere quantitativo ovvero ti da un'indicazione di quanto due sequenze piuttisto ch due proteine sono simili tra di loro.ad esempio possono essere simili al 50% o al 60%.maggiore è questa percentuale maggiore sarà la loro similitudine.ivece quando due proteine o due sequenze sono omologhe significa che derivano da una sequenza progenitrice comune dalla quale poi si sono evolute differenziandosi l'una dall'altra.spero di esserti stata utile.un bacio e in bocca al lupo |
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elisacarli
Nuovo Arrivato
83 Messaggi |
Inserito il - 30 marzo 2007 : 09:59:58
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1)
La struttura é un hash
my(% genetic_desease)={
"chromosome" -> # il cromosoma causa del difetto
"mutation" -> # tipo di mutazione coinvolta
"phenotipe" -> # potrebbe essere un codice numerico che indica il fenotipo normale o alterato
}
2)
string mRNA
string proteina
string codone
for i <- 0 to length(mRNA) step 3
proteina += CODONE_TO_AA(codone)
print proteina
CODONE_TO_AA(codone)
codone=Ucase(codone)
codice_genetico=
'TCA'-> 'S' #serina
'TTC'-> 'F' #fenilalanina
.
.
.
.
if exists codice_genetico(codone)
return codice_genetico(codone)
else
return "-"
3)
Il formato FASTA contiene una linea di intestazione
le sequenze sono precedute da un aline ache iniza con il simbolo >
La prima parola sulla linea é il nome della sequenza a cui fa seguito al descrizione
Le rimanente line contengono la sequenza
genbank
Ciascuna entry contiene una decrizone della sequenza, il nome scientifico e tassonomico dell'organismo
una tabella di caratteristica che identifica le regioni codificanti ed altri siti di interesse biologico
come le unità di trascrizione siti di trascrizione etcc.
Nei dettagli
• LOCUS: Short name for this sequence (Maximum of 32 characters).
• DEFINITION: Definition of sequence (Maximum of 80 characters).
• ACCESSION: accession number of the entry.
• VERSION: Version of the entry.
• DBSOURCE: Shows the source, the date of creation and last modification of the database entry.
• KEYWORDS: Keywords for the entry.
• AUTHORS: Authors for the work.
• TITLE: Title of the publication.
• JOURNAL: Journal reference for the entry.
• MEDLINE: Medline ID.
• COMMENT: Lines of comments.
• SOURCE ORGANISM: The organism from which the sequence was derived.
• ORGANISM: Full name of organism (Maximum of 80 characters).
• AUTHORS: Authors of this sequence (Maximum of 80 characters).
• ACCESSION: ID Number for this sequence (Maximum of 80 characters).
• FEATURES: Features of the sequence.
• ORIGIN: Beginning of sequence data.
• // End of sequence data.
4) Troppo lungo da spiegare in dettaglio. Puoi usare operatori booelani, [] per limitare la ricera a campi specifici, usare la HIstory
per combinare più query già fatte in precedenza
5)
La similarità è un aspetto quantitativo che indica (fissato un criterio comparativo, % identità,
% mutazioni conservative...) un livello di somiglianza tra le sequenze.
L’omologia è un aspetto qualitativo che riguarda più propriamente la “funzione” delle sequenze ed indica un’origine filogenetica comune
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CIA
Utente Junior
Prov.: Padova
Città: Rivadolmo
233 Messaggi |
Inserito il - 31 marzo 2007 : 10:15:12
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Danke!!!!
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CIA
Se è verde o si muove, è biologia. Se puzza, è chimica. Se non funziona, è fisica.
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