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carmen.grandi
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2 Messaggi |
 Inserito il - 18 maggio 2020 : 10:12:58
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Ciao a tutti!
Ho bisogno di un consiglio, dato che le mie conoscenze bioinformatiche sono piuttosto limitate..sto analizzando alcuni dati di un RNA-Seq ottenuto dopo silenziamento di un lncRNA e voglio sapere se alcuni dei geni up- e down-regolati dal trattamento condividiono siti di binding per gli stessi fattori di trascrizione.
Io avevo pensato di allineare le sequenze dei geni in questione e, una volta trovate le sequenze comuni, capire quale fattore di trascrizione ci si possa eventualmente legare. Però sono sicura che esista qualche tool che mi dia in uscita già le sequenze allineate e i possibili fattori di trascrizione comuni tra le sequenze. Come potrei fare? 
Grazie
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Predire siti di binding per fattori di trascrizione
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