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Prov.: Estero
Città: Koeln
2 Messaggi |
 Inserito il - 15 maggio 2007 : 10:15:05
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Salve a tutti!
Devo costruire il modello, tramite Homology Modelling, di una proteina. Purtroppo l'unica proteina vagamente simile alla mia per la quale e' stata risoluta la struttura, ha i domini invertiti rispetto alla mia. Mi spiego meglio: Il templato ha prima in sequenza primaria il dominio transmembrana e poi il dominio ATPasico, mentre la proteina per la quale devo costruire il modello ha in sequenza prima il dominio ATPasico e poi quello transmembrana. Avevo pensato di modellare separatamente i due domini "tagliando" la sequenza della proteina incognita e modellandola separatamente sul templato per poi "incollarla" insieme nuovamente, ma non so quanto possa funzionare. Qualche suggerimento? Scusate se per caso non sono stato chiaro ed in caso chiedetemi pure.
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Federico Marighetti |
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m_a_r_c_o84
Nuovo Arrivato
Prov.: Bologna
Città: Bologna
4 Messaggi |
Inserito il - 12 giugno 2007 : 14:44:07
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Ciao
Se i domini sono nettamente separati, magari da un bel loop, forse può venire decentemente.
Se allinei la porzioni omologhe singolarmente (ATPasico-ATPasico e TM-TM)che identità di sequenza ottieni nei due allineamenti?
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Prov.: Estero
Città: Koeln
2 Messaggi |
Inserito il - 12 giugno 2007 : 18:59:02
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| Purtroppo l'identita' di sequenza per il dominio transmembrana e' molto bassa, mentre per il dominio ATPasico e' relativamente alta (sto usando come templato una proteina batterica per modellare una proteina umana...). Non ti so dare i valori precisi ora perche' non ho il lavoro sul computer che sto usando adesso, comunque fai conto che il dominio transmembrana ha un'identitä dell'ordine del 15 - 20%, ma bisogna considerare che nel frattempo mi sono accorto che la topologia delle 2 proteine non e' perfettamente uguale, per cui devo fortemente intervenire con 1000 "constain residues" che vanno ad abbassare ancora di piü l'identitä calcolata automaticamente dopo l'allineamento. Comunque ho giä allineato i due domini separati e probabilmente la soluzione del lungo loop risulterä la migliore... Grazie mille per il suggerimento! Federico |
Federico Marighetti |
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Domini invertiti tra templato e modello
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