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nemoz18
Nuovo Arrivato

8 Messaggi

Inserito il - 26 gennaio 2005 : 11:53:19

Ciao a tutti,
devo selezionare le alpha eliche in una proteina, dopo devo disegnare in colore ciano i ponti idrogeno ad esse associati... alla fine devo farlo anche per i foglietti beta...
per favore rispondetemi non ce la faccio pi� a provare....
grazie millissime...

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Citt�: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 31 gennaio 2005 : 10:59:19

Innanzittutto tieni presente che nella maggior parte dei files .pdb gli atomi di H non sono presenti, perch� la risoluzione del cristallo ottenuto non � sufficente. Purtroppo questo � un limite fisico della tecnica X-Ray, quindi a parte alcune piccole proteine, per le quali sono stati ottenuti cristalli purissimi (ad esempio la crambrina, se non mi sbaglio), quasi tutti i files .pdb sono cos�. In genere gli H si vedono a risoluzioni minori di 2.0 A.

Ci sono cmq dei programmi in grado di aggiungere gli atomi di H calcolandoli automaticamente. Io ti do gli indirizzi, per� non li ho mai provati:

-www.ddl.unimi.it: -> il programma VEGA, dell'universit� di Milano
-http://swift.cmbi.kun.nl/WIWWWI/ -> questo sembra essere il migliore, ma non ho capito se � a pagamento.
-http://www.yasara.org/viewdl -> programma scaricabile, vai su Edit > Add > Hydrogens to all
-http://kinemage.biochem.duke.edu/molprobity/index-king.html -> software 'REDUCE'
-http://www.umass.edu/microbio/chime/beta/pe_gecko/protexpl/psbiores.htm#molprobity -> boh!

spero di esserti stato utile: per favore, fammi sapere se questi programmi funzionano!!

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)

nemoz18
Nuovo Arrivato

8 Messaggi

Inserito il - 01 febbraio 2005 : 11:05:22

Grazie li prover� e ti far� sapere... LOVE&PEACE

5:-)

atreliu
Amministratore

Prov.: Milano
Citt�: Milano

2484 Messaggi

Inserito il - 08 febbraio 2005 : 11:26:39

Ho pubblicato una manuale in italiano di Rasmol.
La trovi in http://www.molecularlab.it/bioinformatica/rasmol/index.asp
C'� anche il file di help [.hlp 143Kb]

MolecularLab.it - Animazioni, News, didattica & Community su bioinformatica, biologia molecolare ed ingegneria genetica.

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