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valbusagio
Nuovo Arrivato
5 Messaggi |
 Inserito il - 20 luglio 2007 : 11:39:21
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Sto cercando una applicazione/framework che mi permetta di importare sequenze nucleotidiche dai database pubblici o da file, che abbia un minimo di funaionalità grafiche e che sia customizzabile secondo le mie esigenze (implementare nuovi algoritmi di analisi di sequenze). Il massimo sarebbe se fosse scrittta in Java, però va bene anche altro.
Chiedo troppo?
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dallolio_gm
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2445 Messaggi |
Inserito il - 20 luglio 2007 : 12:20:15
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hola,
beh non ho capito bene la tua domanda, ma credo ti potrebbe interessare questo progetto:
- http://taverna.sf.net
E' in java ed esistono diversi repository di workflows scritti con quel programma... alcuni li trovi su http://myexperiment.org ed altri smanettando nelle varie ml.
Non e' molto intuitivo da utilizzare se non si conoscono i vari servizi come quelli di biomart o di moby... se hai domande chiedi pure. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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valbusagio
Nuovo Arrivato
5 Messaggi |
Inserito il - 21 luglio 2007 : 17:20:46
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Ciao,
mi serve per un tesista che deve analizzare le sequenza di DNA codificante utilizzanto dei descrittori di sequenze peptidiche, non è un programmatore Java perciò gli sarebbe molto utile una applicazione che gli permettesse di fare l'analisi in modo più semplice.
Grazie cmq per il suggerimento darò un occhiata più approfondita a Taverna perché so + o - cosa fa ma non nel dettaglio.
Ciao! |
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dallolio_gm
Moderatore
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2445 Messaggi |
Inserito il - 21 luglio 2007 : 19:09:50
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non ho capito cosa intendi per 'descrittori di sequenze peptidiche' :)
taverna é un buon progetto ma l'applicazione presenta ancora un po' di bugs che ne limitano l'usabilità, inoltre é complicato perché bisogna studiarsi i servizi già esistenti o implementarne di nuovi.
Ti consiglio di dare un'occhiata anche a myexperiment che fra qualche tempo se ne salterà fuori con del materiale utilizzabile.
Altrimenti, puoi sempre scrivere una buona documentazione in UML, magari con l'aiuto di un po' di letteratura, e implementarla con java o un altro linguaggio, non dovrebbe essere troppo difficile. |
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valbusagio
Nuovo Arrivato
5 Messaggi |
Inserito il - 23 luglio 2007 : 21:44:25
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sarebbe bello!
se il tesista mi vede l'UML gli viene una sincope e mi resta secco!
eh eh eh! è un pò più bio che informatico!
Ammetto che il panorama delle applicazioni bioinformatiche è veramente troppo vasto per essere esplorato con facilità credo che più o meno sia stato già programmato tutto il pensabile non so se val la pena aggiunger la mia versione della ricetta...alla fine una sequenza di basi è una stringa, o no? O mamma! ...si più o meno si, a meno della struttura 3D degli hairpin e di tutte quelle diavolerie che si è inventata la natura...
mangio che è meglio!
Ciao e grazie! |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
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2445 Messaggi |
Inserito il - 25 luglio 2007 : 14:56:30
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Beh non hai bisogno di studiare tutte le specificazioni di UML!
Io credo che siano sufficenti:
- diagrammi di attivita' (che praticamente sono i classici diagrammi di flusso) per indicare i passaggi da compiere;
- diagrammi delle classi per descrivere la struttura dei moduli utilizzati e le strutture utilizzate per descrivere i dati (a me torna comodo cosi' perche' utilizzo molto la programmazione ad oggetti, ma magari si puo' usare qualche schema piu' semplice)
- diagrammi di sequenze per descrivere l'ordine in cui vanno lanciate le varie funzioni e i metodi dei vari oggetti.
Io utilizzo un diagramma di attivita' principale (ad alto livello) in cui descrivo i vari passaggi da compiere a grandi linee, e poi dei diagrammi piu' definiti per specificarne i dettagli.
Ogni schema e' corredato da un file di testo di documentazione di una 40a di righe suddiviso in sezioni: Descrizione, Obbiettivi, Prerequisiti, Risultati.
Fidati, cosi' viene fuori proprio una bella documentazione che da sola vale la meta' di una tesina.
Il problema di Taverna secondo me e' che cerca di descrivere un intero esperimento con un unico diagramma.
Invece, dovrebbe essere come nell'UML, ovvero con piu' tipi di diagrammi per spiegare la struttura dei dati in input, le risorse da utilizzare da Internet, etc..
Inoltre per utilizzare efficacemente taverna bisogna spenderci un po' di tempo a farci esperienza sopra, e ci vogliono delle conoscenze abbastanza ampie di bioinformatica: per esempio, per scaricare delle sequenze da ensembl devi sapere che esiste biomart, o per interrogare entrez devi capire il funzionamento delle eUtils, o ancora, per eseguire delle semplici analisi su sequenze, dovresti imparare a creare un oggetto sequenza su biomoby, e conoscere quali tra i servizi dello stesso biomoby servano per fare l'analisi che ti interessa (e notare che la documantazione non e' tanta).
Poi ci sono ancora dei bug in molti servizi... in definitiva, credo che ci voglia meno tempo ad imparare 3 o 4 classi di diagrammi da UML che ad usare efficacemente taverna.
Bene, ti ho appena dato un consiglio opposto a quello che ti avevo scritto all'inizio! :D
Se al tuo tesista va di iscriversi al forum, se ne puo' discutere. |
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