anova a due vie o manova?

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pino licusi
Nuovo Arrivato

7 Messaggi

Inserito il - 01 agosto 2007 : 18:10:59

devo studiare le differenze a livello proteomico tra 5 genotipi di riso in tre anni diversi. che tipo di test devo fare? mi hanno detto che l'anova a due vie non va bene perch� sono osservazioni ripetute e quindi non indipendenti...

fpotpot
Utente

Citt�: middleofnowhere

1056 Messaggi

Inserito il - 01 agosto 2007 : 21:31:10

pu� andare il klusal wallis test?dovrebbe essere un test non parametrico (cio� per grandezze non normalmente distribuite) per pi� di due gruppi..la butto l�.Dovrebbe essere il corrispondente non parametrico dell'anova...ma tra un p� verranno in aiuto gli scienziati e ti diranno..per� ditemi se ho proposto una cavolata..

chick80
Moderatore

Citt�: Edinburgh

11491 Messaggi

Inserito il - 02 agosto 2007 : 08:36:17

Non mi � chiaro il "sono osservazioni ripetute e quindi non indipendenti..." puoi specificare meglio?
Per misure ripetute intendi che hai ripetuto l'esperimento pi� volte sugli STESSI soggetti?

In quel caso puoi usare un repeated measures ANOVA (a una o pi� vie, a seconda di quanti fattori hai)

Vedi:
http://www.graphpad.com/faq/viewfaq.cfm?faq=1107

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pino licusi
Nuovo Arrivato

7 Messaggi

Inserito il - 02 agosto 2007 : 08:37:57

sinceramente non lo so. si pu� utilizzare per confrontare pi� di due gruppi? e con il discorso dei due anni come la mettiamo?

pino licusi
Nuovo Arrivato

7 Messaggi

Inserito il - 02 agosto 2007 : 10:32:50

infatti non � chiaro neanche a me... anche io non ne sono convinto. forse il tizio intendeva dire che nella stessa variet� i due campioni nei due anni non sono indipendenti perch� si tratta, appunto dello stesso materiale. io comunque penso che un anova a due vie (variet� e anno) possa essere la scelta giusta. che ne dici?

qualcuno sa fare questo test in R su un intero dataframe? ogni colonna � una proteina, forse si deve usare il sapply...

chick80
Moderatore

Citt�: Edinburgh

11491 Messaggi

Inserito il - 02 agosto 2007 : 13:15:59

Le misure ripetute si fanno solo se usi lo stesso campione.

Ad es., tipica situazione � quando applichi pi� volte lo stesso trattamento ad una coltura cellulare e misuri pi� risposte.

Se semplicemente hai la diverse variet� di riso che hai guardato in anni successivi, quello � il classico esempio di ANOVA a due vie.

In R usi puoi usare aov per fare l'analisi della varianza e Tukey.test (o qualcosa del genere, non ricordo il comando esatto) per il test post-hoc.
Se mi dici esattamente come � fatto il tuo dataframe ti posso anche scrivere i comandi pi� precisamente.

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pino licusi
Nuovo Arrivato

7 Messaggi

Inserito il - 02 agosto 2007 : 14:05:34

grazie!!!

1) sono riuscito a fare l'anova a due vie su tutto il dataframe... il tuckey al momento non mi interessa. la mia paura � di avere (su 1200 proteine analizzate) molti falsi positivi. vorrei fare la fdr. � possibile in R. sai come?

2)vorrei affiancare a questi dati una bella analisi multivariata. tipo PLS. che dici? hai da suggerirmi un tutorial in tal senso per R?

grazie ancora!!!

chick80
Moderatore

Citt�: Edinburgh

11491 Messaggi

Inserito il - 03 agosto 2007 : 01:25:36

Mai fatte sinceramente... per� per la fdr prova a vedere:
http://www.unt.edu/benchmarks/archives/2002/april02/rss.htm

e per l'analisi multivariata:
http://cran.r-project.org/src/contrib/Views/Multivariate.html

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