|
kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
 Inserito il - 03 agosto 2007 : 09:46:37
|
Vi è mai capitato di trovarvi a lavorare con un numero infinito di tools  e di scoprire solo dopo l'esistenza di sistemi integrati all-in-one???
Bene... se cercate un programmino per fare analisi di sequenza io vi consiglio caldamente STRAP:
http://www.charite.de/bioinf/strap/
E' una sorta di piataforma che richiama (e fa girare in locale) tutta una serie di tools che vanno dalla ricerca di sequenze (tipicamente BLAST) all'allineamento multiplo (ClustalW, Tcoffe e chi piu' ne ha ne metta), allineamenti strutturali (ClustalW-3D ad es.), superposizioni. Genera dot-plots, permette di visualizzare PDB richiamando script ad hoc x PyMol, Rasmol e VMD, esporta gli allineamenti in formato Word o OpenOffice.
Ma soprattutto è FREE!!! Da ubuntofilo io vi suggerirei la versione linux (cosi STRAP puo' compilarvi per bene i sorgenti dei diversi motori di allineamento - ovviamente dopo aver installato i compilatori C/C++ e Fortran che nella distro Ubuntu Dapper non sono inclusi  ), ma esistono pure versioni per Mac, Win, e una versione online gia' pronta.
Purtroppo è un programmino Java, quindi non è proprio il massimo di performance come tempo di reazione, pero' secondo me vale...
Fatemi sapere che vi pare...
|
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
|
Tool per analisi di sequenza
Guide tools online
Inserito il - 30 agosto 2007 : 23:44:01
