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Discussione

provolina
Nuovo Arrivato

Prov.: Vibo Valentia
Citt�: vibo valentia

10 Messaggi

Inserito il - 17 ottobre 2007 : 23:33:15

Salve ragazzi

ciao a tutti:)
vorrei fare una domanda molto complicata....

il mio prof mi ha detto di andare sul seguente sito http://www.up.univ-mrs.fr/~wabim/english/logligne.html che contiene un elenco di altri siti.
Tutti questi siti in elenco usano il PROGRAMMA BLAST.
Io devo scegliere uno dei siti in elenco e utilizzando il PROGRAMMA BLAST riuscire a ricavare l'albero che metta a confronto due sequenze proteiche dell'enzima EPSP sintasi cianobatterico (precedentemente trovate su Pubmed)

una volta entrata nel sito indicatomi dal prof ho selezionato i siti che si riferivano a proteine....

purtroppo per� nn sono riuscita a ricavare nulla

� veramente molto molto complicato per me......

quello che alla fine il mio prof vuole che ottenga � un grande albero.....contenente nn solo le sequenze da me inserite ma anche tantissime altre...

sono diversi giorni che tento e ritento...ma nn so davvero come fare....

se qualcuno di voi potesse aiutarmi indicandomi gli step da seguire ve ne sarei davvero infinitamente grata....scusate ma sono disperata!!!

grazie a tutti per avere letto il mio messaggio :) :)

dona:)

queste sono le mie sequenze

Anabaena variabilis ATCC 29413 ACCESSION YP_322772

ORIGIN
1 mdtiaipaln rpvdatveip gsksitnral lvaalaqgds tlenalfsed seyfakcveq
61 lgipitlnph laqiqvsgkg gdipakqadl fvglagtaar fitalvalgn geyrldgvpr
121 mrerpmgdlv tvlqnsgiki nfegnsgfmp ytiygqqfag ghfrlkanqt sqqlsallmi
181 apyaqqdtti evegtlvsqs yvkmtcrlma dfgvdvtqtd dnqfhikagq ryqarhytie
241 pdasnasyff aaaavtggrv rvnhltkqsc qgdilwlnvl eqmgcqvleg edytevigpe
301 qlqgidvdmn dmsdlvqtlg aiapyanspv iirnvehiry keteriravv telrrlgvkv
361 eefadgmkie ptpinpaaie tyhdhrmama favtglktpg iviqdpgcta ktfpdyftrf
421 fkmigq

Nostoc sp. PCC 7120 ACCESSION NP_489059

ORIGIN
1 mdtiaipaln rpvdatveip gsksitnral lvaalaqgds tlenalfsed seyfakcveq
61 lgipitlhph laqiqvsgkg gdipakqadl fvglagtaar fitalvalgn geyrldgvpr
121 mrerpmgdlv tvlqnsgiti nfegnsgfmp ytiygqqfag ghfrlkanqt sqqlsallmi
181 apyaqqdtti evegtlvsqs yvkmtcrlma dfgvdvtqtd dnqfhikagq ryqarhytie
241 pdasnasyff aaaavtggrv rvnhltkqsc qgdilwlnvl eqmgcqvieg adytevigpe
301 qlqgididmn dmsdlvqtlg aiapyasspv iirnvehiry keteriravv telrrlgvkv
361 eefadgmkie ptpitpaaie tyhdhrmama favtglktpg iviqdpgcta ktfpdyftrf
421 fkmid

donatella

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Citt�: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 19 ottobre 2007 : 10:57:15

Eh non puoi creare un albero filogenetico con solo due proteine.

Tramite blast puoi confrontare due sequenze fra di loro (bl2seq) o confrontarle con le altre sequenze annotate.

Dovresti cercare di capire che cosa esattamente ti ha chiesto il professore: gli devi chiedere quali sequenze devi includere per creare l'albero filogenetico.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)

provolina
Nuovo Arrivato

Prov.: Vibo Valentia
Citt�: vibo valentia

10 Messaggi

Inserito il - 19 ottobre 2007 : 15:38:03

Grazie Dallolio_Gm:) :)

grazie infinite per avere risposto:) :) :)

adesso provo a dirti quello che il mio prof vuole.....

praticamente, gli esperimenti della mia tesi si basano sulla ricerca delle dimensioni dell'enzima EPSP sintasi in ceppi cianobatterici, dobbiamo capire se si tratta di un enzima monomerico o dimerico in ciascuno dei ceppi analizzati, capire se ciascun ceppo � sensibile o no all'erbicida glifosato e costruire in fine un albero filogenetico con questi ceppi cianobatterici per capire quali siano quelli che hanno origini comuni.....per vedere cos� se effettivamente tutti quelli che dalla nostra ricerca risultano avere qualit� affini hanno poi anche origini comuni...

Purtroppo il prof nn ha molto tempo in questi giorni.........
comunque mi ha detto che basta inserire solo 2 sequenze

e che poi il programma BLAST costruisce automaticamente da solo l'albero...........ricercando da solo tutte le altre sequenze simili....

Anche io avevo provato ad usare bl2seq........

ma purtroppo con nessun risultato.....

io ti ringrazio davvero tantissimo per avermi aiutata:) :) sei stato davvero tanto gentile:)

so che con questa mia risposta nn ti dico niente di quello che volevi sapere..........ma purtroppo il prof nn mi ha detto niente di pi�

grazie infinite Dallolio_Gm:) :)

ti mando un sorriso:) a presto:)
dona.