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Manz
Nuovo Arrivato
Prov.: MI, PV
Città: Milano, Mortara
27 Messaggi |
 Inserito il - 01 giugno 2005 : 23:03:26
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Salve a tutti!
Questo è il mio primo messaggio in assoluto!! (e chi se ne..!! ndEco)
In attesa che Ric approvi il mio avatar vi pongo comunque un quesito anzichenò:
qualcuno sa indicarmi una via facile (leggi gratuita, leggi veleco, leggi affidabile) per eseguire splicing in silico, id est predire (Homo Sapiens) siti di splicing e esoni/introni di una sequenza di DNA "ignota"?
Gradirebbesi programma da eseguirsi in locale, ma non storco il naso davanti a una web-interface!!
Ialea iacta est! 
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Come dici? Ma certo, che sono il prescelto! Non penserai mica che fosse quello stupido bambino biondo che spostava gli oggetti col pensiero, e che ha traslocato da casa questa mattina?
http://sabaroth.altervista.org/JMP/ - Journal of Molecular Proctology |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
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AleXo
Moderatore
Prov.: Estero
Città: San Francisco, California
1550 Messaggi |
 Inserito il - 02 giugno 2005 : 12:24:29
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il programma del secondo serve per trovare antisenso (in un database di EST) di una regione genomica che usi come query. Per ovviare alla scarsa qualità delle EST, il programma fa una serie di menate (tecnicismo) andando a vedere siti di splicing.
ma non penso ke sia quello ke ti serva...
Cmq sei sei del dibit kiedi a Lavorgna(4A2 se non erro), è molto disponibile, insegna la parte "genomica" del corso di bioinformatica x biotek.
Dibit rulez! |
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Manz
Nuovo Arrivato
Prov.: MI, PV
Città: Milano, Mortara
27 Messaggi |
 Inserito il - 02 giugno 2005 : 17:00:05
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Ahah grazie Nic, proverò e scandaglierò sia quel link che altri che il sagace Google vomita nel mio browser, e poi ti/vi farò sapere!
Per AleXo: no, milito in Bicocca (U8)!
p.s. Nic devo scegliere una firma che faccia a gara con la tua.. ^_^ |
Come dici? Ma certo, che sono il prescelto! Non penserai mica che fosse quello stupido bambino biondo che spostava gli oggetti col pensiero, e che ha traslocato da casa questa mattina?
http://sabaroth.altervista.org/JMP/ - Journal of Molecular Proctology |
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AleXo
Moderatore
Prov.: Estero
Città: San Francisco, California
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Manz
Nuovo Arrivato
Prov.: MI, PV
Città: Milano, Mortara
27 Messaggi |
Inserito il - 03 giugno 2005 : 09:40:05
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Grazie mille! Subitamente metterò alla frusta i server!  |
Come dici? Ma certo, che sono il prescelto! Non penserai mica che fosse quello stupido bambino biondo che spostava gli oggetti col pensiero, e che ha traslocato da casa questa mattina?
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Manz
Nuovo Arrivato
Prov.: MI, PV
Città: Milano, Mortara
27 Messaggi |
Inserito il - 06 giugno 2005 : 16:22:01
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:O Sono piacevolmente sorpreso: le prime prove che ho fatto (prove in BLAST di allineamento tra mRNA e CDS "ricostruito" a partire da sequenze di cloni da GENSCAN) sono veramente..!! Bella AleXo!  |
Come dici? Ma certo, che sono il prescelto! Non penserai mica che fosse quello stupido bambino biondo che spostava gli oggetti col pensiero, e che ha traslocato da casa questa mattina?
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 21 giugno 2005 : 15:05:21
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iHOla! si tu gradirebbesti esto programma, esso viene dal sitio in cui ora lavoro, e nel quale adesso io siedo.
E' simile a GenScan, ma funziona con un complesso sistema di pesi e di HMM, calcolati con un sistema di autoapprendimento per vari organismi: http://genome.imim.es/main/software.html#GENEID
Vedi cosa ti pare migliore! |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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Splicing in silico
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