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Balsamo del Canadā
Nuovo Arrivato
Prov.: Verbano-Cusio-Ossola
Cittā: Verbania
97 Messaggi |
 Inserito il - 11 novembre 2007 : 16:05:30
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Ciao a tutti, stavo studiando qualche funzione dei programmi usati nel sequenziamento shotgun dei genomi. Volevo chiedervi se mi sapete dire di preciso cosa fa lo "Scaffolder". Da quel che ho capito prende tutti i contig ricostruiti e li assembla basandosi sui riferimenti tipo mappe fisiche, genomiche e altre informazioni indipendenti (tipo sequenze di cDNA), giusto?
Grazie
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-B.del C.- |
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molecolina
Nuovo Arrivato
3 Messaggi |
Inserito il - 11 novembre 2007 : 19:51:45
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| :( su questo sono totalmente impreparataaa dovrei aggiornarmi e studiare un po di piu :( |
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Patrizio
Moderatore
Cittā: Barcellona
1914 Messaggi |
Inserito il - 11 novembre 2007 : 20:34:28
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| Se ti riferisci al sequenziamento fatto da Venter,non sono stati sequenziati dei contig ma le estremita' dei frammenti di poche kb usando 2 tipi di vettori ( in quanto alcuni risultavano instabili in un vettore ma non nell altro),quindi uno scaffolf e' formato da molti di questi frammenti,il problema era che c erano dei buchi fisici che non riuscivano a colmare ( e ancora oggi ci sono )e quindi gli scaffold non coprivano una porzione estesa del genoma,ora( credo che scaffolder faccia questo ),confrontando la sequenza dello scaffold con i vari markatori che si conoscevano...RFLP,STS,SNPs,sequenze ripetute,mappe genetiche,si poteva capire se l ordine della sequenza ricavata era corretta o meno,molti di questi problemi nascevano dal fatto che le sequenze ripetute potevano far perdere una sequenza o invertirla,e credo che il programma serviva a questo cioe' "rivestire" con ghi scaffold i marcatori (questo e' quello che ho rimembrato dall ultimo esame fatto 2 mesi fa).....tu hai letto che usano i contig?..perche' altrimenti se e' cosi' stai studiando il sequenziamento fatto da Collins che usa metodi diversi |
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Balsamo del Canadā
Nuovo Arrivato
Prov.: Verbano-Cusio-Ossola
Cittā: Verbania
97 Messaggi |
Inserito il - 12 novembre 2007 : 09:31:08
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No penso sia questo..comunque con contig io mi riferisco anche a contig di cloni! Quindi penso di aver capito bene!
grazie mille |
-B.del C.- |
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Patrizio
Moderatore
Cittā: Barcellona
1914 Messaggi |
Inserito il - 12 novembre 2007 : 18:21:11
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ok,quindi in questo caso stiamo parlando di scaffold costituiti da un insieme di contig di sequenze separati da lacune di sequenza ( quelle che si trovano tra le mini-sequenze interne ad uno stesso frammento clonato e per questo colmabile per ulteriore sequenziamento di quel frammento ) |
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