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Bely
Nuovo Arrivato
38 Messaggi |
 Inserito il - 19 novembre 2007 : 18:37:25
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Ciao a tutti e scusate per la domanda idiota.
Dovrei lavorare su una struttura proteica ottenuta da poco x cristallografia e non ancora pubblicata, ma non mi e' mai capitata una cosa del genere: si tratta di un omodimero con le due catene che hanno la stessa sequenza, ma struttura secondaria diversa! E' possibile? come mi comporto?
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maurizioolla
Nuovo Arrivato
Cittā: Cagliari
22 Messaggi |
Inserito il - 01 dicembre 2007 : 15:14:57
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forse ci hai giā pensato e nel caso scusami per la risposta 'ingenua'
hai provato a cercare in letteratura casi simili digitando su google non so "homodimer different secondary structures"? o qualcosa del genere
Se il cristallo non č ancora pubblicato immagino tu non possa dire molto x confidential agreement ma le strutture secondarie sono profondamente diverse (tipo una č alfa elica e l'altra č beta sheet)?
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Bely
Nuovo Arrivato
38 Messaggi |
 Inserito il - 07 dicembre 2007 : 16:05:01
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No, non sono profondamente diverse, o meglio si tratta solo di alcune regioni, ma non so quanto possano influire... il problemae' che non si tratta, che ne so, di enzimi in cui si possano avere dei dati sperimentali sul meccanismo di azione, ma di proteine che si associano tra loro a formare una struttura piu' grande... quindi provero' a fare un docking proteina-proteina di entrambe le versioni per vedere se le regioni incriminate vengono coinvolte o no (come sinceramente spero... se no son cavoli). Magari si tratta di artefatti di cristallizzazione, boh.
In rete non riesco a trovare nessun caso analogo...
Grazie della risposta!  |
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maurizioolla
Nuovo Arrivato
Cittā: Cagliari
22 Messaggi |
Inserito il - 07 dicembre 2007 : 16:34:36
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il docking mi sembra una buona soluzione anzi direi ottima...
hai provato a usare tipo MSDvalidate per vedere se ti dice che la struttura ha qualche problema
il link č: http://www.ebi.ac.uk/msd-as/MSDvalidate
fammi sapere, ciao.
ps. ne approfitto per farti una domanda io: conosci programmi free che lavorino su nucleotidi (devo mutare sequenze di RNA) e un buon software che mi permetta di sovrapporre porzioni di proteina e/o nucleotidi? |
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Bely
Nuovo Arrivato
38 Messaggi |
Inserito il - 11 dicembre 2007 : 09:33:05
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No... ho sempre lavorato solo su proteine!
grazie del link :) |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Cittā: Monza
1303 Messaggi |
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Struttura secondaria proteine
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