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darkene
Utente Junior
291 Messaggi |
 Inserito il - 12 dicembre 2007 : 18:03:22
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ciao ragazzi.
qualcuno conosce un tool online che mi permette di "allineare" la struttura terziaria di una proteina con un'altra o meglio con un database di strutture? devo trovare la funzione di una proteina e mi servono quanti più elementi possibili che mi indichino una direzione.
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SilviaDT
Nuovo Arrivato
Prov.: Brindisi
Città: Brindisi
3 Messaggi |
Inserito il - 12 dicembre 2007 : 18:49:43
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Ciao,
io ultimamente ho usato expasy...(con la p!!)
ti permette di vedere se nella tua proteina esistono dei domini conservati in base al confronto con proteine note del suo database...vedi un po'! ciao |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 12 dicembre 2007 : 18:52:13
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T-coffee fa l'allineamento a livello di struttura di proteina, per esempio.
ha anche un ottimo manuale: http://bioportal.cgb.indiana.edu/docs/tools/tcoffee/t_coffee_doc.html in cui e' trattato l'argomento.
Cmq non e' un problema banale quello dell'allineamento di strutture: se cerchi su pubmed vedi che vengono pubblicati numerosi articoli sull'argomento e ci sono diversi approcci e diverse situazioni.
Poi un'altra domanda: chi ti assicura che l'allineamento strutturale sia una buona base per capire quale sia la sua funzione?
Forse anche un allineamento a pfam o prosite ti puo' dire quali sono i domini codificati nella proteina, e quella puo' essere una buona traccia. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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darkene
Utente Junior
291 Messaggi |
Inserito il - 12 dicembre 2007 : 21:26:18
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so già che domini ha la proteina. ho già fatto analisi con pfam e prosit. ma ho bisogno di altre info.
grazie comunque! |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
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Bio-du
Nuovo Arrivato
11 Messaggi |
Inserito il - 07 settembre 2012 : 16:20:50
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Ciao a tutti!qualcuno può spiegarmi cosa si intende per allineamento strutturale e come si realizza?
Grazie mille |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
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Bio-du
Nuovo Arrivato
11 Messaggi |
Inserito il - 07 settembre 2012 : 17:59:21
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Grazie mille mi sei stato d'aiuto |
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ventu
Nuovo Arrivato
Prov.: PD
30 Messaggi |
Inserito il - 16 settembre 2012 : 16:41:12
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| Ciao, puoi provare anche con Swiss Model che oltre a farti un allineamento tra strutture ti permette di fare anche analisi di vario tipo e con Phyre2 (su questo ti consiglio di registrarti così da poter usare la modalità esperto che ti da più opzioni di scelta). :) |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 17 settembre 2012 : 10:25:04
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| Però Phyre e SwissModel servono per fare homology modelling, essenzialmente. Nell'allineamento strutturale la struttura dovrebbe essere già nota o perlomeno validata. |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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Bio-du
Nuovo Arrivato
11 Messaggi |
Inserito il - 19 settembre 2012 : 10:12:59
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| Grazie mille per tutte le delucidazioni |
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allineamento struttura proteine
Guide tools online
