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Reset
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Città: Viareggio
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Inserito il - 12 novembre 2003 : 16:19:40
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ciao, mi servirebbe sapere, per un microarray, la sequenza dell'esone 10 del gene della fibrosi cistica.
ho cercato la sequenza su pubmed, ma essendo la prima volta che faccio una cosa di questo tipo sono un po imbranato e nn sono sicuro di aver trovato la sequenza giusta, ma soprattutto nn sono ancora riuscito a trovare il singolo esone.
qualcuno di voi puo aiutarmi?
Nel frattempo continuo a cercare le informazioni che mi servono...
Scritto Da - Reset il 12 Novembre 2003alle ore 16:37:51
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Inserito il - 12 novembre 2003 : 17:07:16
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trovato 
credo...
ora il problema e' trovare i primers
Scritto Da - Reset on 13 Novembre 2003 12:13:37 |
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atreliu
Amministratore
Prov.: Milano
Città: Milano
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Inserito il - 13 novembre 2003 : 18:17:57
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Studio biologia molecolare all'università.
Si, la seq corrisponde a quella che avevo trovato io, anche se io su quel sito nn ero riuscito a trovarla...
ora restano i primer, avevo trovato un programma, redasoft Visual cloning che dovrebbe creare primer adatti ad una certa sequenza, ma evidentemente sbaglio qualcosa ad usarlo, xche dopo ore che cerca nn riesce a tirare fuori niente....
Scritto Da - Reset on 13 Novembre 2003 18:19:16 |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 13 novembre 2003 : 19:35:34
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Noi usiamo Primer3 (lo trovi a questo indirizzo):
http://www-genome.wi.mit.edu/cgi-bin/primer/primer3_www .cgi
E' semplicissimo da usare:
1) da NCBI incolla la sequenza da amplificare. Ti conviene metterla in formato FASTA in modo che non ci siano numeri, scritte o schifezze varie (in NCBI in alto puoi scegliere il tipo di formato sotto Display, se non ricordo male; di solito è settato come 'default', scegli 'FASTA').
2) Scegli i check box che ti interessano (nel tuo caso i due primers, la probe serve x la real-time).
3) Scegli "pick primers" e attendi il risultato!
4) se non viene fuori niente di buono (cioè la Tm si discosta molto da 60°C o è molto diversa tra i 2 primers, il contenuto di G/C è molto alto etc. etc. etc.) puoi divertirti a cambiare tutti i parametri di sotto. Un consiglio: non cambiarli a caso, piuttosto lascia i valori che ci sono lì.
nICO
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Città: Viareggio
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Inserito il - 13 novembre 2003 : 20:27:56
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ok, trovato anche i primer, grazie :)
atreliu, mi dici cosa hai cercato per trovare quella seq?
io ho cercato "nucleotide" "cftr" ma nn l'ho trovata...
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atreliu
Amministratore
Prov.: Milano
Città: Milano
2484 Messaggi |
Inserito il - 14 novembre 2003 : 00:36:11
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Allora... io ho proceduto come nell'esercitazione che trovi nella sezione di bioinformatica:
1) Prima ho fatto una bella selezione su tutti i geni umani:
- sono andato nella scheda Limit, ho limitato ad 'Organism', e molecola genomica
- scritto Homo Sapiens nel campo di ricerca, ed avviato: in questo modo trovo tutte le sequenza nucleotidiche relative all'organismo Homo Sapiens
2) Poi, ho rifatto un'altra ricerca,ritornando sulla sezione Limits, non preoccupandomi dei risultati trovati (da incrociare successivamente), in quanto rimangono in memoria (vedi al punto 3). Questa volta ho fatto la ricerca con "cftr" limitando per gene name.
3) Andando ora in History vedrai le ricerche identificate da #* dove * è un numero cronologico: potrai incrociare le ricerche semplicemente facendo #1 AND #3, ad esempio.
Incrociando le tue ricerche fatte sopra, al 20° posto del risultante c'è quello che cerchi. Potevi aggiungere, o specificare maggiormente la ricerca per ottenere meglio e più in fretta quella che cerchi. ^__^
Spero di essere stato di aiuto. E grazie nICO per la consulenza ;-)
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Molecularlab.it Animazioni, e didattica su bioinformatica, biologia molecolare ed ingegneria genetica.
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Inserito il - 18 novembre 2003 : 11:30:25
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Ah, non mi ero accorto della possibilità di filtrare la ricerca :)
Avrei un'altra domanda : fino ad ora Primer3 mi ha semper scritto a fine pagina "unacceptable product size" , questo significa che il primer che ha trovato nn funziona , o magari che ho sbagliato io ad inserire qualche parametro (delle opzioni tipo Tm ecc ho modificato solo il target della pcr) ?
in particolare questo e' uno dei risultati che ho ottenuto
Scritto Da - reset on 18 Novembre 2003 11:48:37 |
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cftr , esone 10
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