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alexubs
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4 Messaggi |
 Inserito il - 21 luglio 2005 : 11:34:27
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Scuate tutti se vi angoscio con le mie domande, ma io sono un informatico che deve fare l'esame di bioinformatica scaricando dati da una banca dati biologica e poi ricostruire l'albero filogenetico usando phylip.Premettendo che il mio docente queste cose a lezione non le ha mai spiegate neanche di striscio, mi devo arrangiare facendo tutto quasi da zero.Vorrei chiedere se qualcuno poteva suggerirmi un buon progetto da presentare all'esame, non troppo complicato magari .Grazie mille ciao
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dallolio_gm
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2445 Messaggi |
Inserito il - 21 luglio 2005 : 16:21:51
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Una volta ho fatto una cosa simile, partendo da un articolo sul seq. del genoma mitocondriale della salamandra (che stress) (forse era: Phylogeny of caecilian amphibians (Gymnophiona) based on complete mitochondrial genomes and nuclear RAG1)
Se prendi quello e poi semplicemente fai l'albero genetico?
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Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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alexubs
Nuovo Arrivato
Prov.: Brescia
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4 Messaggi |
Inserito il - 22 luglio 2005 : 13:44:15
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| scusa se ti faccio qualche domanda, ma il tuo progetto era trovare la sequenza di nucleotidi della salamandra in una banca dati biologica, e poi ricostruire l'albero con un apposito programma tipo phylip?Se si che formato hai prelavato dalla banca dati? hai usato anche un programma per l'allineamento tipo clustalw o non serve?scusa se le domande sembrano stupide ma la biologia non č la mia materiaciao grazie |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Cittā: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 22 luglio 2005 : 15:43:03
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Beh, piu'che un progetto era u'articolo che ho dovuto studiare :)
Piu' o meno funziona cosi':
- Fai finta di aver appena sequenziato il genome mt della salamandra, e di avercelo in FASTA format;
- Cerchi in una banca dati altri genomi mitocondriali di organismi, per vedere come sono imparentati rispetto alla salamandra.
Stai attento a quello che scegli: dovrebbero essere animali con una buona letteratura dietro e abbastanza eterogenei(a seconda di quale definizione vuoi dare al tuo lavoro)
Credo che per ClustalW serva sempre il formato FASTA, phylip non l'ho mai usato.
-Ti fai la tua bella analisi filogenetica, pero' non finisce qui: devi dimostrare che il tuo albero e' credibile, ad esempio confrontandolo con altri alberi gia' pubblicati.
Per dire, se ti viene fuori che la salamandra e' piu' imparentata con la giraffa che con la rana, devi dire che questo e' strano perche' in altri articoli e' scritto diversamente.
-L'articolo che avevo studiato io faceva anche un sacco di discorsi sulla frequenza di sostituzione degli aminoacidi (comparabile a quella degli altri alberi filogenetici) e altre caratteristiche. Appena posso vedo se riesco a ritrovare il titolo.
ihasta luego! |
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b-52
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Prov.: Lecce
17 Messaggi |
Inserito il - 05 dicembre 2012 : 00:40:50
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| Ciao, sapete dirmi per caso dove posso trovare i genoma della "salamandra" sequenziato? |
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MB
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