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Autore Discussione  

maurizioolla
Nuovo Arrivato


Città: Cagliari


22 Messaggi
Inserito il - 22 dicembre 2007 : 13:16:35  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di maurizioolla  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di maurizioolla Invia a maurizioolla un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao,
ho provato a utilizzare il software di modellazione molecolare Tinker
ma non riesco a visualizzare le molecole nel display????!!!

Nel pannello a sinistra mi da tutta la serie di amminoacidi (se parliamo di proteine)le connessioni etc etc ma il display rimane crudelmente nero...

E mi capita anche se carico una delle molecole contenute nella cartella examples

Qualcuno ha qualche suggerimento o magari ha avuto la stessa esperienza e ne è venuto a capo?

Grazie in anticipo e buone festività a tutte/i

M*

RNA world
Utente Junior

dna



370 Messaggi
Inserito il - 23 dicembre 2007 : 15:40:56  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di RNA world Invia a RNA world un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ciao,

non conosco il programma ma sono interessato a questi argomenti. questo programma che vantaggi ha rispetto ad altri tipo il vecchio rasmol o il mitico pymol?
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kORdA
Utente Attivo

newkORdA

Prov.: Milano
Città: Monza


1303 Messaggi
Inserito il - 23 dicembre 2007 : 16:45:44  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di kORdA  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di kORdA Invia a kORdA un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da RNA world

ciao,
non conosco il programma ma sono interessato a questi argomenti. questo programma che vantaggi ha rispetto ad altri tipo il vecchio rasmol o il mitico pymol?


Non l'ho mai usato neanch'io, pero' è interessante...

Rispondendo a RNA world Tinker dovrebbe essere un pacchetto per il molecular modeling, non soltanto un viewer (come PyMol e RASmol).

Non ho ancora avuto il tempo di leggermi bene l'homepage ma... Tinker è in grado di ottimizzare piccole molecole con la quantomeccanica??? (mi riferisco a qualcosa che sostituisca efficacemente il glorioso modulo AMPAC/MOPAC di InsightII).

Se ho tempo lo provo (dico SE perchè attualmente sto impazzendo ad imparare Gromacs+VMD)
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada
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maurizioolla
Nuovo Arrivato


Città: Cagliari


22 Messaggi
Inserito il - 23 dicembre 2007 : 19:08:54  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di maurizioolla  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di maurizioolla Invia a maurizioolla un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Si RNAworld, Korda ha ragione, tinker appare dalla home page e dalla user guide un "insightII" FREE in miniatura... non compete certo col colosso della acelrys ma buona parte di ciò che è necessario a chi si occupa di modelling di proteine acidi nucleici e piccole molecole e loro interazioni ... Tinker lo fa!

... se solo riuscissi a vederle sul display le molecole...:-(((

Korda... quando hai due minuti...

Thanks in advance
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maurizioolla
Nuovo Arrivato


Città: Cagliari


22 Messaggi
Inserito il - 24 dicembre 2007 : 09:26:31  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di maurizioolla  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di maurizioolla Invia a maurizioolla un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
RNA world e Korda, se andate su questo link in poche pagina è desritto cosa può fare tinker

http://dasher.wustl.edu/ffe/pages/screenshot.html

ma il mio schermo è sempre buio :-((((

M*
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maurizioolla
Nuovo Arrivato


Città: Cagliari


22 Messaggi
Inserito il - 12 gennaio 2008 : 11:38:33  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di maurizioolla  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di maurizioolla Invia a maurizioolla un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
non so per quali motivi e onestamente non ho tempo per tentare di trovarli, la versione di tinker per linux funziona egregiamente. la trovate all'url:

dasher.wustl.edu/tinker/

buon sabato a tutti/e

Maurizio
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