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Discussione |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
 Inserito il - 17 agosto 2005 : 21:25:30
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Ok, che significa omologo? Quando un gene e' omologo di un altro?
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Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 18 agosto 2005 : 03:04:27
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Due geni in diverse specie sono omologhi se hanno in comune la sequenza (perlomeno in una buona percentuale) e l'origine nel corso dell'evoluzione. In genere dovrebbero codificare x proteine con funzione simile. (OK, probabilmente esiste una definizione piu' rigorosa, ma il senso e' questo!)
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 18 agosto 2005 : 12:37:32
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Grazie!
Sono quelle definizioni sulle quali c'e' sempre confusione. E' che a seconda di dove vai, ognuno le intende in maniera diversa (come per 'similarita'' e 'identita''  )
Sto cercando di estrarre degli 'omologhi' di alcuni geni da Ensmart, e questa e' la definizione ufficiale nelle FAQs:
Citazione:
The homologous genes represent the reciprocal best BLAST hits for the two species, and the location of genes within appropriate synteny blocks is also taken into account. Matches therefore represent potential orthologues. More than one homology match may be displayed if both BLAST and location criteria are met. For more information please see the 'Orthologue Prediction section on Ensembl 'GeneView' help pages.
agh perdona ma che significa allora 'ortologo'? |
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valia
Moderatore
Prov.: UK
1001 Messaggi |
Inserito il - 18 agosto 2005 : 14:01:05
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In generale due geni dello stesso organismo si dicono ortologhi se originati da un evento di duplicazione genica. In pratica il gene A si duplica e origina il gene A', che un pò alla volta può assumere funzioni sempre più diverse da quelle del gene A.
Insomma, due geni OMOLOGHI si trovano in organismi diversi, si originano da eventi di speciazione ed hanno, in genere, funzioni molto simili (es. Hb di uomo ed Hb di cavallo).
Due geni ORTOLOGHI invece si trovano nello stesso organismo, originano da eventi di duplicazione genica ed hanno funzioni diverse (es. geni umani della famiglia delle immunoglobuline).
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CIA
Utente Junior
Prov.: Padova
Città: Rivadolmo
233 Messaggi |
Inserito il - 19 agosto 2005 : 10:58:57
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CIA
Se è verde o si muove, è biologia. Se puzza, è chimica. Se non funziona, è fisica.
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Ra1D
Utente Junior
Prov.: Bergamo
Città: Treviglio
174 Messaggi |
Inserito il - 21 agosto 2005 : 20:01:36
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Giusto per confermare che si trovano sempre definizioni diverse  :
OMOLOGIA: Sequenze e strutture sono dette OMOLOGHE se hanno un ancestore comune.
ANALOGIA: Acquisizione di una caratteristica comune (fold o funzione) per evoluzione convergente da ancestori non correlati.
Partendo da una seq A (o gene A) in un organismo, un evento di duplicazione crea una seq A e una B, definite PARALOGHE.
Tramite un evento di speciazione, le seq A e B precedenti vengono a trovarsi in 2 specie diverse, quindi la seq A nella specie 1 è ORTOLOGA alla seq A della specie 2, idem per le seq B.
C'è poi un non ben chiaro "trasferimento orizzontale" in cui una seq C della specie 3 passa nella specie 4, queste seq vengono definite XENOLOGHE.
Spero di non aver incasinato ancora di più le idee!!
Simo
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...e vicinissimo al mio sapere si accampa la tenebra della mia ignoranza... |
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reverenda
Nuovo Arrivato
Prov.: Estero
9 Messaggi |
Inserito il - 25 agosto 2005 : 19:58:44
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ragazzi...ma kome si fa a cercare i geni omologhi?????
ora vi spiego l'esercizio che devo svolgere:
ho 3 geni umani (per i primi 2 ho 3 isoforme) che mappano sullo stesso cromosoma, ora devo cercare gli omologhi in topo.
io ho usato blast, mouse genome e via dicendo ma quello che mi chiedo è : essendo nell'uomo i tre geni all'interno di un'unica regione genomica anche gli omologhi per tutti e tre i geni saranno sullo stesso cromosoma? quindi ad esempio: io ho trovato per tutti e tre i geni un omologo sul cromosoma 7 ma per ognuno ho anke trovato un buono score ed un basso evalue su altri cromosomi ( ad esempio 10 per il primo, chr.6 per il secondo etc), io però devo considerare solo il cromosoma 7 che ha tutti e tre gli omologhi^??miiii!scusate ma sto sklerando!
à bientot! |
"CHI BEVE SOLO ACQUA HA QUALCOSA DA NASCONDERE" |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 25 agosto 2005 : 20:32:07
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Citazione:
io ho usato blast, mouse genome
non usare blast. Vai su Ensembl (http://www.ensembl) e selezioni 'Data Mining [BioMart]'.
Quindi selezioni il database (togli 'Vega' e metti Ensembl32, Homo Sapiens), fai 'Next', ti ritroverai in una maschera chiamata 'Filters'.
In questa inserisci gli ID dei geni che ti interessano (dove e' scritto 'GENE' > 'id list limit'), e continui con 'Next'.
nella schermata che ti compare successivamente (chiamata 'OUTPUT') selezioni di farti vedere gli Id degli omologhi di topo.
Fai di nuovo 'Next' e ti trovi davanti una tabella.
Questo perche' come e' scritto in questo post un po' piu' sopra, sul database Compara di Ensembl le omologie sono calcolate in una maniera piu' raffinata rispetto alla semplice query con Blast (es. aggiunge la sintenia).
Al limite usa Blat (http://genome.ucsc.edu)
Citazione:
essendo nell'uomo i tre geni all'interno di un'unica regione genomica anche gli omologhi per tutti e tre i geni saranno sullo stesso cromosoma
No, e magari il tuo prof ti ha messo un caso come questo proprio per confonderti.
Citazione:
ma per ognuno ho anke trovato un buono score ed un basso evalue su altri cromosomi
Se scarti dei dati, indica semplicemente che gli hai scartati. Se hanno un punteggio molto piu' basso probabilmente lo puoi fare, in ogni caso fai riferimento a quello che ti esce da Ensmart.
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domi84
Moderatore
Città: Glasgow
1724 Messaggi |
Inserito il - 06 aprile 2009 : 17:00:20
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Siccome questo post è vecchio, ma molto interessante...vorrei degli aggiornamenti. Ho cercato gli ortologhi di una proteina su ensembl (Prima avevo provato con Blast, e ne ho trovato qualcuno, ma leggevo che usare Ensembl è più preciso). Quando seleziono la mia proteina trovo tutti gli ortologhi...ma c'è un modo per dire:"Dammi le sequenze proteiche di tutte gli ortologhi"?
(non so se mi sono spiegato) |
Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
Le foto che ho scattato... |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 06 aprile 2009 : 17:23:23
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Mi sembra però che la tematica di questo topic sia un po' variata dall'inizio.
Dalla definizione di omologhi, ortologhi...ecc...
a come si cercano gli omologhi in banca dati
quindi ve lo passo di là in Bionformatica! |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
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RNA world
Utente Junior
370 Messaggi |
Inserito il - 11 aprile 2009 : 16:29:44
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| L'omologia non ha nulla a che fare con la similarità di sequenza, esprime soltanto una relazione storica tra due oggetti. Poi se l'allineamento tra due sequenze ha un expect basso, allora la probabilità che la somiglianza sia dovuta al caso tende allo stesso valore di E, che si avvicina a zero. |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 12 aprile 2009 : 16:41:54
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Citazione:
Messaggio inserito da domi84
Siccome questo post è vecchio, ma molto interessante...vorrei degli aggiornamenti. Ho cercato gli ortologhi di una proteina su ensembl (Prima avevo provato con Blast, e ne ho trovato qualcuno, ma leggevo che usare Ensembl è più preciso). Quando seleziono la mia proteina trovo tutti gli ortologhi...ma c'è un modo per dire:"Dammi le sequenze proteiche di tutte gli ortologhi"?
(non so se mi sono spiegato)
Credo che si possa fare tramite BioMart o in alternativa, galaxy (http://main.g2.bx.psu.edu/) se conosci il tool.
Se ti intendi di programmazione, vi sono delle ottime API per i database di ensembl, in perl, python e Java. |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 18 maggio 2010 : 17:13:54
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Finalmente ho trovato l'articolo originale in cui sono stati coniati i termini 'ortologo', 'omologo', 'paralogo'. Purtroppo risale al 1970 e non é disponibile elettronicamente, peró la citazione è questa:
- http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez/5449325 |
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MB
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