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Discussione |
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celsio
Nuovo Arrivato
Prov.: Perugia
8 Messaggi |
 Inserito il - 06 febbraio 2008 : 13:09:38
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Salve a tutti, sono un cittieffino alle prese con la chimica computazionale!
Vi spiego il mio problema.
Dopo aver creato e validato alcuni modelli di omologia di un recettore, ho dockato su questi un pool di molecole che so che sono farmacologicamente attive. Per il docking ho usato Glide, nell'interfaccia di MAESTRO. Ora io vorrei sovrappore le diverse pose per i diversi ligandi e calcolarne l'RMSD. Vorrei fare questo usando sempre MAESTRO.
Sto consultando il manuale ma con esito negativo.
C'è qualcuno che sa aiutarmi? Oppure consigliarmi un forum in cui si parli di argomenti del genere?
(Ho notato infatti che in questo forum si parla, tra i vari argomenti, di Bioinformatica e nn di chemoinformatica....)
RINGRAZIO ANTICIPATAMENTE TUTTI!
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
 Inserito il - 10 febbraio 2008 : 19:41:22
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Citazione:
Messaggio inserito da celsio
(Ho notato infatti che in questo forum si parla, tra i vari argomenti, di Bioinformatica e nn di chemoinformatica....)
RINGRAZIO ANTICIPATAMENTE TUTTI!
La chemoinformatica non la conosco, al massimo so qualcosa di Molecular Modeling
Francamente Maestro non l'ho ancora usato, ma se devi calcolare solo delle RMSD puoi usare un qualsiasi viewer: in PyMol, ad es, ci sono addirittura tre comandi diversi (fit, rms e rms_cur).
Immagino che farai una sovrapposizione per vedere quanti i tuoi ligandi si discostano da quello naturale: hai gia' rankato le tue pose con una scoring function che calcoli il deltaG del sito di binding?
...a proposito di Maestro: ho letto che per le minimizzazioni usa un campo di forze chiamato UFF (Universal Force Field, mi sembra). Siccome è la prima volta che lo sento, vorrei sapere se funziona bene (rispetto a GROMOS96, AMBER o CHARMM)? Hai un po' di bibliografia a riguardo? |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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celsio
Nuovo Arrivato
Prov.: Perugia
8 Messaggi |
 Inserito il - 11 febbraio 2008 : 12:24:40
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Ciao Korda!
Anche io la chemoinformatica la conosco poco, cioè sono un citieffino in tesi e mi sto cimentando con il molecular modelling, e volevo dire che in questo sito ci sono molte info di bioinformatica, ma poche cose ho trovato circa lavori di Docking, di dinamiche molecolari, di qsar e cose del genere... cose che pensavo si potessero inserire nell'insieme della chemoinformatica, nn so, forse ho usato impropriamente il termine.
Cmq di maestro posso dirti che usa UFF solo nell'applicazione Builder, ovvero disegnado le molecole, si puo fare un cleanup che usa questo force field. Ho trovato delle info qui
UFF, a full periodic table force field for molecular mechanics and molecular dynamics simulations
A. K. Rappe, C. J. Casewit, K. S. Colwell, W. A. Goddard, and W. M. Skiff
J. Am. Chem. Soc.; 1992; 114(25) pp 10024 - 10035; DOI: 10.1021/ja00051a040
Posso aggiungere che nn è l'unico force field che ti permette di usare maestro. Nell'applicazione Ligprep (che segue una procedura per la preparazione di molecole ) si ha la possibilita di scegliere come force field OPLS o MMFF.
Tornando invece al mio problema, è che il calcolo dell RMSD volevo farlo direttamente in MAESTRO senza usare altri prog, perche nel manuale c'è scritto che si puo fare, e perche l'estensione delle pose è .mae e credo che nn sia direttamente trattabile con altri programmi tipo Pymol o VMD.
CIAU! |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 11 febbraio 2008 : 15:54:16
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ugh... UFF mi interesserebbe per minimizzare proteine, però se mi dici che c'è pure OPLS preferirei usare quest'ultimo.
Per l'RMSD non so a questo punto, sorry...
Un consiglio pratico, a prescindere da quale programma usi:
l'ottimizzazione dei ligandi sarebbe sempre meglio farla con la quantomeccanica piuttosto che applicarci dei forcefield.... |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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celsio
Nuovo Arrivato
Prov.: Perugia
8 Messaggi |
Inserito il - 11 febbraio 2008 : 16:47:37
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Grazie per il consiglio, ma per ora che sono un povero laureando mi limito ad eseguire quanto mi è stato chiesto di fare ... |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 11 febbraio 2008 : 19:04:14
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Citazione:
C'è qualcuno che sa aiutarmi? Oppure consigliarmi un forum in cui si parli di argomenti del genere?
(Ho notato infatti che in questo forum si parla, tra i vari argomenti, di Bioinformatica e nn di chemoinformatica....)
Sì certo, c'é questo che ha aperto da poco:
- http://www.openbiosource.org/OpenBioSource_it
o forse c'é qualcosa qui in inglese:
- http://www.protocol-online.org/forums/index.php |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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celsio
Nuovo Arrivato
Prov.: Perugia
8 Messaggi |
Inserito il - 12 febbraio 2008 : 12:43:29
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| Grazie dallolio. Oltre ad essermi iscritto nel forum openbiosource, ho messo il tuo blog tra i miei preferiti!!!!!!!!!!!!!! |
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Franceska82
Nuovo Arrivato
Città: Napoli
21 Messaggi |
Inserito il - 12 febbraio 2008 : 13:26:33
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salve, ma questo UFF nn l'ho mai sentito, ma è un force field diponibile solo per Maestro?
Qualcuno ne sa di più?
Io uso Gromacs per le simulazioni e non mi pare proprio che ci sia tra le opzioni...
Consiglio sull'OPLS, è molto utile quando ti interessa osservare il comportamento o il folding di specifiche regioni e su proteine non molto grandi..e non dimenticare che va o con TIP4 o con SPCE, il ke rallenta di un pò la dinamica.
Se interessa solo verificare la stabilità degli elementi strutturali allora GROMOS va più ke bene..
bye bye |
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