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lellabella
Nuovo Arrivato

Prov.: Bergamo
Citt�: Alm�

4 Messaggi

Inserito il - 11 febbraio 2008 : 14:16:19

Ciao a tt, qualcuno per caso � pratico di modeller?

M.Elena

kORdA
Utente Attivo

Prov.: Milano
Citt�: Monza

1303 Messaggi

Inserito il - 11 febbraio 2008 : 15:46:58

dipende... cosa ti interessa sapere?

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada

lellabella
Nuovo Arrivato

Prov.: Bergamo
Citt�: Alm�

4 Messaggi

Inserito il - 14 febbraio 2008 : 09:55:19

Ho provato a costruire un modello 3D sia mediante allineamento pairwise che mediante allineamento multiple templates. Nel secondo caso per� le performance sono inferiori.
C'� un modo per ottimizzare la struttura?
Come o dove trovo i valori di RMSD del modello?
grazieeeeee!!!

M.Elena

kORdA
Utente Attivo

Prov.: Milano
Citt�: Monza

1303 Messaggi

Inserito il - 15 febbraio 2008 : 11:21:56

Quando ho avuto a che fare con degli allineamenti multipli io ho imposto (sulla base del profilo di predizione di struttura secondaria della sequenza target) costraints per le porzioni di struttura secondaria predette.

Per l'RMSD del modello non ho capito bene cosa intendi... l'RMSD si calcola tra coppie di strutture, tu usi + di un template...

provo a interpretare...

Nel caso degli allineamenti multipli Modeller costruisce un set di coordinate atomiche del backbone basata sulla media delle coordinate di ogni templato (dopo averli sovrapposti tutti tra loro), e poi le trasferisce alla sequenza target (con tutte le valutazioni energetiche del caso). Ora, se vuoi ottenere la struttura del modello iniziale da cui � partito Modeller dovresti avviare un job in cui riduci al minimo lo step di ottimizzazione del modello (poca minimizzazione, niente dinamica molecolare); per far questo dovresti aggiungere nel tuo file .py le seguenti righe:

a = automodel (env,
.
.
.
a.library_schedule = autosched.fastest
a.md_level = None
.
.
.
a.make()

fai la stessa cosa pure con il pairwise.

A questo punto forse avrebbe senso fare RMSD incrociati tra:
- modello pairwise ottimizzato
- modello pairwise "grezzo"
- modello multiple templates ottimizzato
- modello multiple templates "grezzo"

Per ottimizzare la struttura io proverei prima di tutto a riconsiderare gli allineamenti, prima di giocare sulla costruzione del modello. Hai provato a fare threading per ogni coppia target/templato? Come rankano gli allineamenti prodotti in termini di energia di threading?

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada

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