Forum

Nome Utente:
Password:
Riconoscimi automaticamente
 Tutti i Forum
 MolecularLab
 Bioinformatica
 Quale sequenza aminoacidica scegliere??
 Nuova Discussione  Nuovo Sondaggio Nuovo Sondaggio
 Rispondi Aggiungi ai Preferiti Aggiungi ai Preferiti
Cerca nelle discussioni
I seguenti utenti stanno leggendo questo Forum Qui c'è:

Aggiungi Tag Aggiungi i tag

Quanto è utile/interessante questa discussione:

Autore Discussione  

Sole_Robi
Nuovo Arrivato

Città: Parma


22 Messaggi

Inserito il - 13 febbraio 2008 : 13:22:09  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Sole_Robi Invia a Sole_Robi un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
[testo cancellato su richiesta dell'autore]

dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 13 febbraio 2008 : 21:14:51  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Secondo me é meglio usare quelle di uniprot (o al massimo di ebi).

Stai attento che le sequenze nel pdb a volte non corrispondono alla proteina completa.
Il database pdb contiene strutture cristallizzate: il che significa che alcune parti della proteina, ad alta entropia, non cristallizzabili, possono essere escluse.
A volte le proteine possono anche essere modificate artificialmente per essere più stabili, e aumentare la definizione del cristallo.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
Torna all'inizio della Pagina

kORdA
Utente Attivo

newkORdA

Prov.: Milano
Città: Monza


1303 Messaggi

Inserito il - 15 febbraio 2008 : 10:48:28  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di kORdA  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di kORdA Invia a kORdA un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Va bene, va bene...

tieni presente le considerazioni di dallolio_gm ma abbi un po' di fiducia (se i modellisti non potessero piu' contare nemmeno sulle strutture cristallografiche sarebbe un vero guaio).

A meno che tu non sia sfigata in genere i PDB sono integri, magari manca qualche catena laterale che si puo' benissimo aggiustare facendo mutagenesi in silicio + analisi dei rotameri. Manchera' forse qualche residuo, ma sono in posizioni non troppo disperate da un punto di vista strutturali (N-term o C-term).

Se sei un po' + sfigata potrebbero mancare dei residui non risolti interni alla struttura, ma spesso si tratta di un pugno di residui, ricostruibili (no facile, ma fattibile).

Se sei sfigatissima (ad es. se lavori su immunoglobuline) puo' capitare che manchino interi elementi di struttura secondaria, e li ti devi affidare a manzoniana Provvidenza...

In ogni caso, se non devi fare modelli il Protein Data Bank non è l'unica risorsa.

Il mio consiglio è:

1 - vai su expasy e cerca quante annotazioni possibili sulla sequenza

2 - da li cerca su SMART o PFAM la possibile organizzazione dei domini

3 - fai un BLAST o un FASTA impiegando come banca dati swiss-prot; in questo modo puoi star certa di ottenere sequenze amminoacidiche gia' risolte (vengono filtrate le seq ottenute per predizione da cDNA, messaggeri e altro)

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada
Torna all'inizio della Pagina

kORdA
Utente Attivo

newkORdA

Prov.: Milano
Città: Monza


1303 Messaggi

Inserito il - 15 febbraio 2008 : 10:52:13  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di kORdA  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di kORdA Invia a kORdA un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
e comunque la ricerca la farei usando il fasta della proteina tagliata (che credo che probabilmente manchi del peptide segnale)

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada
Torna all'inizio della Pagina

AleXo
Moderatore

OrniAle

Prov.: Estero
Città: San Francisco, California


1550 Messaggi

Inserito il - 16 marzo 2008 : 20:59:52  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di AleXo  Invia a AleXo un messaggio AOL Invia a AleXo un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
qual e' il senso di questo topic?

C'e' una buona risposta ma nessuna domanda...

Torna all'inizio della Pagina

Sole_Robi
Nuovo Arrivato

Città: Parma


22 Messaggi

Inserito il - 17 marzo 2008 : 12:28:31  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Sole_Robi Invia a Sole_Robi un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
CIAO RAGAZZI RIFORMULO LA DOMANDA PER UNA SERIE DI IMPICCI PRATICI...

IL MIO DUBBIO ERA RELATIVO ALLA SEQUENZA AMINOACIDIC DA SCEGLIERE NEL MOMENTO IN CUI QUELLA SU PDB FOSSE DIVERSA DA QUELLA RISCONTRABILE SU BANCHE DATI COME UNI PROT, ECC... SE SONO DIVERSE PERCHE' LO SONO? E QUALE PRENDERE COME PIU' ATTENDIBILE??

GRAZIE,
CIAUUUUUUUUU
Torna all'inizio della Pagina
  Discussione  

Quanto è utile/interessante questa discussione:

 Nuova Discussione  Nuovo Sondaggio Nuovo Sondaggio
 Rispondi Aggiungi ai Preferiti Aggiungi ai Preferiti
Cerca nelle discussioni
Vai a:
MolecularLab.it © 2003-18 MolecularLab.it Torna all'inizio della Pagina