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Cangrande
Utente Junior
Prov.: Verona
280 Messaggi |
 Inserito il - 04 maggio 2008 : 11:45:01
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Secondo come si potrebbe fare un'analisi bioinformatica di promotori eucariotici?
Io ho pensato che si potrebbe iniziare dalla ricerca dei putative TSS e degli elementi "classici" es. TATA-box. Si potrebbe poi continuare con la ricerca dei putative TFs con i diversi programmi che sfruttano algoritmi diversi e database diversi.
Ditemi le vostre idee
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Magnifico atque victoriosissimo Domino, Domino Kani Grandi de la Scala. |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 04 maggio 2008 : 14:50:47
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Sicuramente ci sono molte review interessanti, anche se in questo momento non saprei bene quale consigliarti.
Forse questa di Zhang già può essere interessante:
- Zhang et al
Mi vengono in mente alcune idee, che poi valgono in generale per la ricerca di qualsiasi analisi di motivi di regolazione su dna:
- analisi comparativa: individui gli ortologhi dei geni che vuoi studiare, allinei le sequenze a monte, e vedi se ci sono regioni conservate e che evolvono più lentamente (soggette a costraints). Una buona review su questo é Margullies et al 2007.
- analisi comparativa di annotazioni: trovi gli ortologhi del gene su altre specie, e vedi se su qualcuno di essi sono annotate informazioni sul promotore.
- confronto con ESTs/cDNA/dati sperimentali: purtroppo i promotori non sono inclusi in dati come quelli delle ESTs, però un confronto ti permette di identificare i punti TSS di inizio della trascrizione con migliore precisione. Secondo me però se fai questo con H. sapiens o con uno degli organismi di ensembl, non ve ne é bisogno, specie per quelli di Vega.
- Meme/finestre scorrevoli/HMM: fai una analisi con meme o qualsiasi altro programma di identificazione di motivi per vedere se vi é qualche sequenza con frequenza superiore al normale nel promotore.#8232;Una persona con cui ha lavorato aveva sviluppato una applicazione del genere, puoi darci una occhiata se vuoi.#8232;Soprattutto vi sono già dentro alcuni motivi annotati, alcuni da transfac e da un articolo.#8232;http://genomics.imim.es/peaks
- confronto con database di motivi di regolazione: puoi usare transfac (http://www.gene-regulation.com/pub/databases.html) che é un database di motivi di regolazione ben curato, l'unico problema é che é a pagamento.
- analisi composizione molecolare: se vuoi studiare promotori di più geni contemporaneamente, puoi provare a classificarli in base al loro contenuto AT, etc...
- usare regex/HMM per individuare gli elementi classici: questo é quello che dici tu.#8232;Il problema è: come definisci questi elementi? Per esempio, che sequenza utilizzeresti per la TATA box? C'è da fare un po' di ricerca bibliografica, però può essere utile, per esempio già sapere quali geni hanno una TATA box e quali no può essere interessante.
Sicuramente mi sono dimenticato qualcosa...
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Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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Cangrande
Utente Junior
Prov.: Verona
280 Messaggi |
Inserito il - 10 maggio 2008 : 15:14:00
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Grazie sei un grande. Alcune cose le avevo già iniziate a fare, le altre le inizio subito. Vi pongo un altro problemino.
Se le sequenze promotrici hanno un'identità nucleotidica inferiore al 50% che strategia di allineameto fareste? Nel mio caso ho a disposizione solo 2 regioni promotrici confrontabili e i problemi sono:
- possibilità di soli allineamenti a coppia;
- regioni non codificanti e quindi più soggette alla divergenza.
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