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Gio Gio
Nuovo Arrivato
17 Messaggi |
 Inserito il - 17 maggio 2008 : 09:49:29
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Salve a tutti...come faccio a capire se l' E.value è oppure no significativo?per esempio tra 3e-176 e o.o quale è il più significativo?C'è un metodo per calcolarlo?Ci sono dei parametri...??Grazie mille per la vostra disponibilità!
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
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Gio Gio
Nuovo Arrivato
17 Messaggi |
Inserito il - 17 maggio 2008 : 10:46:58
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| Sto usando il Blust..nel momento in cui mi escono tutti gli allineamenti,al lato destro ottengo dei valori:SCORE ED E.VALUE...per esempio il primo allineamento ottenuto ha un E.VALUE pari a 0.0,mentre scendendo ottengo valori come e-121,scendendo ancora e-119 e così via...Ho seguito un corso base di bioinformatica,so che l'E.VALUE valuta la significatività dell'allineamento;ma volevo sapere come faccio a capire se un allineamento è più significativo di un altro?tra 0.0 e e-121 quale è il + significativo?c'è un calcolo da fare?ci sono dei parametri da rispettare?spero di essere stata chiara.grazie ancora... |
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elly_
Utente Junior
400 Messaggi |
 Inserito il - 17 maggio 2008 : 10:49:36
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Sto preparando un esame di statistica, ma l'e.value non l'ho proprio sentito!
cmq se è un test statistico e il parametro della validità della tua ipotesi ti viene praticamente 0, allora la tua ipotesi è da rifiutare... ma questo moooolto in generale!
besos  |
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elly_
Utente Junior
400 Messaggi |
Inserito il - 17 maggio 2008 : 10:51:44
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| sorry stavo scrivendo mentre tu hai mandato il 3 msg... |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 17 maggio 2008 : 11:06:36
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ahhhhh ok :)
Basta guardare l'help di BLAST e trovi la spiegazione:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Education/BLASTinfo/glossary2.html
Expectation value. The number of different alignments with scores equivalent to or better than S that are expected to occur in a database search by chance. The lower the E value, the more significant the score.
E qui trovi come viene calcolato
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/tutorial/Altschul-1.html#head2
Quindi, la bontà del tuo allineamento è dato dallo score (punteggio). L'E-value ti dice quanti allineamenti casuali con quel punteggio o punteggio maggiore possono esistere. Quindi vuoi che E-value sia il più basso possibile.
0 è < di 3e-176 (che comunque è un numero infinitamente piccolo)... e se è associaro ad una maggiore score vuol dire che è migliore.
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 17 maggio 2008 : 12:33:12
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Accidenti, ti ha già risposto Chick, é stato troppo veloce :)
Cmq l'e-value essenzialmente ti dice quale sia la probabilità che un risultato sia un falso positivo.
In quel caso l'interfaccia di ncbi-blast ti restituisce 0 quando l'e-value é estremamente basso, ancora meno di e-176.
Ho cambiato il titolo del topic, così mi sembra più chiaro. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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Gio Gio
Nuovo Arrivato
17 Messaggi |
Inserito il - 18 maggio 2008 : 11:41:37
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grazie mille  |
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n/a
deleted
Città: Napoli
10 Messaggi |
Inserito il - 27 maggio 2008 : 20:07:37
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| l'e-value è la probabilità che l'allineamento sia casuale , piu' è basso piu' il risultato è attendibile. In genere si considerano significativo quando è inferiore a 0.5 |
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n/a
deleted
Città: Napoli
10 Messaggi |
Inserito il - 27 maggio 2008 : 20:12:04
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0.05 ! avevo omesso uno zero |
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Lemarva
Nuovo Arrivato
20 Messaggi |
Inserito il - 27 gennaio 2009 : 11:59:58
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chick 80 sei stato chiarissimo grazie mille |
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Discussione |
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e-value di Blast e significatività [era:dubbio]
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