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greace
Nuovo Arrivato
Città: ancona
43 Messaggi |
 Inserito il - 05 giugno 2008 : 11:32:58
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ragazzi vi prego rispondetemi...io sono alle prime armi con la bioinformatica  e forse le mie domande vi sembrano senza senso..ma devo fare una relazione di bioinformatica dove mi è stato assegnato il codice PDB di una proteina (dCMP-idrossimetilasi),devofare una ricerca di similarità in banca dati primaria con i programmi FASTA e BLAST e poi confrontare i risultati (praticamente quello che ho ottenuto è che la mia seq. nucleotidica non è conservata tranne che nella famiglia dei fagi T, mente la seq. aminoacidica risulta essere presente anche in altri microrganismi poichè ha una elevata percentuale di omologia con la Timidilato Sintasi).
dopo di che devo selezionare almeno quattro sequenze appartenenti a microrganismi diversi e poi effettuare il multiallineamento con CLUSTAL W (sia per i nucleotidi che per gli aminoacidi).
in seguito devo disegnare,basandomi sul multiallineamento di 2 seq. diverse,una coppia di primers in grado di funzionare per gli organismi considerati, allo scopo di amplificare mediante PCR una porzione della seq. codificante indicativamente di 300-400 nucleotidi.
Ora il problema è che io non ho fatto molta attenzione nella scelta delle sequenze....e ho scelto per disegnare i primers la stessa sequenza appartenente allo stesso microrganismo..solo chiamata in modo diverso.
quanto è grave il mio errore secondo voi??????
grazie a tutti..ciao caio
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greace... |
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Mat
Nuovo Arrivato
85 Messaggi |
Inserito il - 05 giugno 2008 : 12:28:35
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Io, personalmente, non lo considererei molto grave ma non so il tuo professore. Non sono professore quello che posso dirti è di metterci più attenzione la prossima volta e che secondo me l'importante è saper fare le cose e gli errori sono umani... |
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greace
Nuovo Arrivato
Città: ancona
43 Messaggi |
Inserito il - 05 giugno 2008 : 12:31:56
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grazie per la risposta....mi sono tirata un pò su di morale....
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greace... |
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greace
Nuovo Arrivato
Città: ancona
43 Messaggi |
Inserito il - 05 giugno 2008 : 12:33:05
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grazie per avermi risposdto....mi sono un pò sollevata. grazie mille ancora  |
greace... |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 05 giugno 2008 : 12:39:09
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Citazione:
ho scelto per disegnare i primers la stessa sequenza appartenente allo stesso microrganismo.
Se ho capito bene tu devi disegnare dei primers per amplificare gli ortologhi di un gene in due microrganismi.
Mi sembra strano che tu per sbaglio abbia preso due sequenze simili dallo stesso organismo, magari é una duplicazione, ma ti potresti anche essere sbagliata e aver utilizzato sequenze di due RNA diversi :).
Cmq per essere sicuri ti basta ripetere il procedimento, utilizzando una sequenza diversa da un altro organismo. Che programma hai usato per disegnare i primers? |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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greace
Nuovo Arrivato
Città: ancona
43 Messaggi |
Inserito il - 05 giugno 2008 : 19:24:51
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allora il programma che ho usato per disegnare i primers è gene fisher.
praticamente le 2 seq. che ho usato sono Enterobacteria phage T4 e Batterriophage T4, entrambe le sequenze nucleotidiche codificano per un enzima di 246 residui che è la deossicitidinmonofosfato idrossimetilase.
il problema è che non mi sono accorta che si trattava dello stesso fago perchè nel Batteriofago T4 la sequenza codificante andava dal nucleotide 166 al nucleotide 906, mentre in Enterobacteria phage T4 dal nucleotide 2664 a 3404. quindi pensavo fossero 2 seq. diverse....invece poi andando a vedere il genoma completo in entrambe ho trovato che era lungo 168.903 bp.
ed ora non so che pensare....aiuto...
grazie per le risposte |
greace... |
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amplificare sequenze di due ortologhi
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