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Discussione |
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Cangrande
Utente Junior
Prov.: Verona
280 Messaggi |
 Inserito il - 10 giugno 2008 : 14:10:23
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Salve a tutti! Sto cercando un programma che mi permetta di scrivere una sequenza nucleotidica e che a fine riga mi inserisca il numero dell'ultimo nucleotide. Se è possibile farlo direttamente con un editor di testo, con degli accorgimenti specifici, va benisssimo.
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Magnifico atque victoriosissimo Domino, Domino Kani Grandi de la Scala. |
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Cangrande
Utente Junior
Prov.: Verona
280 Messaggi |
Inserito il - 10 giugno 2008 : 23:12:11
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| Alcuni colleghi mi hanno detto che lo fanno con word ma stento a credere che i bioinformatici di molecularlab non abbiano qualcosa di più adatto. |
Magnifico atque victoriosissimo Domino, Domino Kani Grandi de la Scala. |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 13 giugno 2008 : 12:30:50
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Non saprei, potresti usare seaview (http://pbil.univ-lyon1.fr/software/seaview.html), che é un editor per allineamenti multipli, ma dovrebbe funzionare anche per una sequenza singola.
Personalmente non mi capita molto spesso di dover guardare a mano una sequenza, o meglio, per cercare posizioni particolari preferisco leggerla con biopython o con qualche script scritto appositamente.
Come editor di testo io uso vim, ma é un poco complicato e per saltare a particolari posizioni devi usare scorciatoie da tastiera un poco oscure.
Dipende un poco da quello che devi fare con la sequenza, se vuoi vederci sopra delle annotazioni oppure solo visualizzarla. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
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domi84
Moderatore
Città: Glasgow
1724 Messaggi |
Inserito il - 21 agosto 2008 : 10:58:33
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Fra i programmi indicati da dallolio_gm c'è CLC Sequence Viewer (Freeware), con questo puoi inserire nuove sequenze fatte da te, te le conta e ti indica quanti nucleotidi ci sono, e selezionando un area di permette di modificarli...
insomma...io sono riuscito a fare tutto quello che chiedevi...
Provalo!
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Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
Le foto che ho scattato... |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 21 agosto 2008 : 16:04:54
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Citazione:
Messaggio inserito da domi84
... CLC Sequence Viewer (Freeware)
..io sono riuscito a fare tutto quello che chiedevi...
Io l'ho utilizzato varie volte (anzi era un po' che non lo usavo e mi sono accorta oggi che è uscita la versione 5!) ma nonostante mi trovi bene per fare gli allineamenti il problema poi è come esportare i dati, l'unico modo è come immagine, ma non esiste (o almeno io non l'ho trovato!  ) un modo per esportarli come testo! Tu hai mai provato?  |
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Cangrande
Utente Junior
Prov.: Verona
280 Messaggi |
Inserito il - 22 agosto 2008 : 15:26:57
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| grazie provo e vi faccio sapere |
Magnifico atque victoriosissimo Domino, Domino Kani Grandi de la Scala. |
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morgan79
Utente Junior
Prov.: Bari
143 Messaggi |
Inserito il - 08 settembre 2008 : 12:16:18
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| usi mac? vai con strider |
il sapere non è sufficiente, bisogna applicare; il volere non è sufficiente, bisogna fare |
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domi84
Moderatore
Città: Glasgow
1724 Messaggi |
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