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biohope
Nuovo Arrivato




50 Messaggi

Inserito il - 23 giugno 2008 : 16:08:36  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di biohope Invia a biohope un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ragazzi ho sostenuto oggi la prova scritta di bioinformatica e tra qualche giorno si terrà l'orale, ho alcuni dubbi su delle domande, spero che mi possiate aiutare..
Una domanda parlava di sistemi di integrazione --wirehouse (ho messo i trattini perchè non ricordo la parte iniziale della parola) Cosa sarebbe??
2) Gene ontology è un database flat o relazionale?
3) cosa è l'Itegration view?
4)quale tra le seguenti serve per identificare più geni contemporaneamente?
Northen blotting, Western blotting,ibridazione in situ, Sage?

Raga vi prego ditemi qualcosa sui sistemi di integrazione di entrez e SRS, cosa sono i view, i loaders.. so di essere stata un pò approssimativa, aiutatemi a fare un pò di chiarezza xkè nn ci ho capito niente! GRAZIE!!

biohope
Nuovo Arrivato




50 Messaggi

Inserito il - 25 giugno 2008 : 19:48:43  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di biohope Invia a biohope un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ragazzi x favore ho solo un quesito da porvi..
Il threading cosa c'entra con la predizione della struttura secondaria?
Io ho capito che se voglio costruire una struttura 3D di una proteina (non trovando un buon templato in PDB), uso una banca dati con sequenze 3D note e sulla base di queste mi costruisco pari pari la struttura 3D prendendo quella col fit migliore.. poi sulla base di questa struttura 3D predico la struttura secondaria, considerando gli aa coinvolti in aeliche etc..! Dallolio_gm è corretto? Mi chiarisci un pò le idee? Grazie!!
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dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 25 giugno 2008 : 23:31:54  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
uff... rispondo velocemente :)

Citazione:
Il threading cosa c'entra con la predizione della struttura secondaria?
Più o meno come hai detto tu... ma si predice la struttura terziaria, piuttosto che quella secondaria.

Vedi se questa pagina ti può essere utile:
- http://en.wikipedia.org/wiki/Protein_threading


Citazione:
Una domanda parlava di sistemi di integrazione --wirehouse (ho messo i trattini perchè non ricordo la parte iniziale della parola) Cosa sarebbe??

non mi viene... qualche altra informazione in più?


Citazione:
2) Gene ontology è un database flat o relazionale?
Relazionale, gerarchico.


Citazione:
3) cosa è l'Itegration view?
non so... su quale portale?


Citazione:
4)quale tra le seguenti serve per identificare più geni contemporaneamente?
Northen blotting, Western blotting,ibridazione in situ, Sage?
Credo il Northern e la Sage ma magari qualcun altro più pratico di laboratorio ti saprà confermare meglio.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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Patrizio
Moderatore

mago

Città: Vancouver


1900 Messaggi

Inserito il - 25 giugno 2008 : 23:55:59  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Patrizio  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di Patrizio Invia a Patrizio un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
SAGE,anche con il northern ..ma esaminare l espressione di di 100 geni..gia' e' impensabile con il northern


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biohope
Nuovo Arrivato




50 Messaggi

Inserito il - 26 giugno 2008 : 15:07:09  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di biohope Invia a biohope un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ragazzi vi ringrazio tantissimo!
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