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mary13_b
Nuovo Arrivato




3 Messaggi
Inserito il - 17 luglio 2008 : 07:52:03  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di mary13_b  Invia a mary13_b un messaggio Yahoo! Invia a mary13_b un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao a tutti...vi prego aiutatemi...
qualcuno ha l'implementazione in python dell'allineamento locale? oppure se mi potete spiegare come faccio a tenere traccia dei massimi locali,perkè nel programma ke ho scritto riesce a prendere solo il più grande massimo.Grazie
mary13_b

dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi
Inserito il - 19 luglio 2008 : 23:25:25  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
In principio non é difficile, devi solo creare una matrice e farci sopra un paio di calcoli.
Ma non ho capito bene la domanda... riesci ad ottenere almeno un massimo locale? O vuoi una lista di più possibili candidati?
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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mary13_b
Nuovo Arrivato




3 Messaggi
Inserito il - 21 luglio 2008 : 18:44:16  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di mary13_b  Invia a mary13_b un messaggio Yahoo! Invia a mary13_b un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Grazie per avermi risposto. Il mio problema è che riesco a trovare solo il massimo allineamento locale. Incece gli altri massimi minori non so come prenderli dalla matrice senza cancellare niente nella matrice.Ho provato a tener traccia in una lista di tutti i massimi con le rispettive coordinate ma poi quando vado a richimare la funzione del massimo facendo anche ciclare la lista, non mi prende gli altri massimi...
mary13_b
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dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi
Inserito il - 23 luglio 2008 : 15:54:23  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Prova a vedere questa guida del prof. Fariselli:
- http://www.biocomp.unibo.it/piero/corso/note/node74.html
- http://www.biocomp.unibo.it/piero/corso/note/node1.html

lì usa due matrici, una per i punteggi e l'altra per tenere traccia degli allineamenti migliori.

Io l'allineamento l'avevo realizzato ma in octave, ed era risultato più semplice perché é più semplice lavorare con le matrici.
Ti consiglierei di utilizzare il modulo di python numpy perché ti rende molto più facile proprio questo aspetto..
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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