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Discussione |
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domi84
Moderatore
Città: Glasgow
1724 Messaggi |
 Inserito il - 25 agosto 2008 : 11:06:51
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Sto cercando di imparare ad usare questo "CLC Sequence Viewer", ci sono un paio di cose che non riesco a fare.
Tanto per cominciare a me non appare il tasto "New annotation" nella Annotation Table...per caso è disponibile nella versione a pagamento?
Poi, è possibile avere una sequenza di Dna e sovrapposta a questa la sequenza Proteica? Esiste un programma che lo fa?
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valia
Moderatore
Prov.: UK
1001 Messaggi |
Inserito il - 25 agosto 2008 : 12:49:03
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Citazione:
Messaggio inserito da domi84
Poi, è possibile avere una sequenza di Dna e sovrapposta a questa la sequenza Proteica? Esiste un programma che lo fa?
Se ho capito bene quello che chiedi potrebbe esserti utile questo: http://www.expasy.ch/tools/dna.html
Su output format in basso devi selezionare "include nucleotide sequence"
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 25 agosto 2008 : 14:52:58
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Jalview dovrebbe farlo.
Che problema hai a farlo partire? |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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domi84
Moderatore
Città: Glasgow
1724 Messaggi |
Inserito il - 25 agosto 2008 : 16:50:23
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Citazione:
Messaggio inserito da dallolio_gm
Jalview dovrebbe farlo.
Che problema hai a farlo partire?
La versione senza Java VM non si installa proprio, l'installazione si blocca senza dare alcun errore dal terminale.
La versione con Java VM si installa e parte, carica, ma la finestra resta grigia e quando provo a chiudere non si chiude...
@Valia: Grazie...era quello che cercavo, ma mi aspettavo che il programma lo facesse...
Ora mi resta il problema delle annotazioni... |
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domi84
Moderatore
Città: Glasgow
1724 Messaggi |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 25 agosto 2008 : 21:26:58
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Citazione:
La versione senza Java VM non si installa proprio, l'installazione si blocca senza dare alcun errore dal terminale.
La versione con Java VM si installa e parte, carica, ma la finestra resta grigia e quando provo a chiudere non si chiude...
Prova a lanciare la versione webstart:
- http://darwin.wcupa.edu/webapps/bioinformatics/jalview2/page4/assets/launchApp.jnlp
Se non funziona direttamente, salvati il file sul desktop, e lancialo con javaws launchApp.jnlp .
Non ti so dire, a me i due installer funzionano e il programma parte.
Forse una volta avviata una volta l'applicazione tramite webstart, vengono installate le librerie necessarie (spero di no), e quindi l'applicazione funziona correttamente anche in locale.
Oppure ti manca qualche libreria. |
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Dionysos
Moderatore
Città: Heidelberg
1913 Messaggi |
Inserito il - 25 agosto 2008 : 22:04:47
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Pure io ho avuto un po' di difficoltà ad allineare i miei sequenziamenti con CLC:
non capivo se è perchè la versione free manca di qualche funzione, oppure se è
perchè io sono impedito. Può darsi benissimo la seconda. Dì domi, gli allineamenti? tutto ok? |
Volere libera : questa é la vera dottrina della volontà e della libertà
(F.W. Nietzsche)
Less Jim Morrison, more Sean Morrison!
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domi84
Moderatore
Città: Glasgow
1724 Messaggi |
Inserito il - 28 agosto 2008 : 01:06:48
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@ Dionysos: è vero, trovo anch'io delle differenze, nonostante abbia usato l'alliniamento t-coffee in CLC...trovo molto meglio usare direttamente t-coffee!
@ Dallolio: il file .jnlp parte senza nessun problema...Posso imparare a usare il programma facendolo partire ogni volta così...
Grazie...
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 10 ottobre 2008 : 15:29:09
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Mi sembrava di averlo già chiesto, ma ripropongo la domanda sperando che qualcuno sia diventato più esperto con questo programma! 
Se voglio esportare l'allineamento in un formato "normale" che possa essere visualizzato con un editor di testo tipo ad es. Word (dallolio ti prego non mi rispondere male  ) come faccio? 
I formati che mi fa esportare sono: (a parte .clc)
.aln (Clustal Alignment)
.msf (GCG Alignment)
.nxs/.nexus (Nexus Data)
che non ho la più pallida idea di che programma utilizzare per aprirli!
.phy (Phylip Alignment) --> che almeno riesco ad aprire con BioEdit, ma l'allineamento è completamente sfalsato!  |
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domi84
Moderatore
Città: Glasgow
1724 Messaggi |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 10 ottobre 2008 : 17:36:45
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Provato... ma non me lo fa "uplodare" (caricare )!!! 
quando clicco su "Upload file" mi viene fuori la finestrella con scritto:
! FASTA Sequences
e non posso fare altro! |
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domi84
Moderatore
Città: Glasgow
1724 Messaggi |
Inserito il - 11 ottobre 2008 : 08:57:32
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Ma...ma...ho appena provato a fare un allineamento con CLC e ho seguito la procedura e ha funzionato!
Mmm...se provi ad aprire direttamente il file .aln con un Editor di Testo (quello che si usa per aprire i .txt o anche Word )? |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 11 ottobre 2008 : 11:54:47
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Citazione:
Provato... ma non me lo fa "uplodare" (caricare )!!!
quando clicco su "Upload file" mi viene fuori la finestrella con scritto:
Spiega per bene i passaggi che fai e vediamo se si capisce qualcosa.
aln, gcg, phylip, nexus sono tutti formati salvati in solo testo, perciò li puoi aprire con qualsiasi editor di testi, purchè poi tu non li salvi come .doc o con un qualsiasi formato diverso da questi |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 11 ottobre 2008 : 14:46:15
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Ragazzi lo so che Word è una brutta parola! Ma il problema è che non se ne può fare a meno! Problemi di comunicazione!
Tenete presente che in laboratorio mi forniscono un PC sul quale non ho privilegi di amministrazione, non posso installare "niente" senza chiamare il centro informatico e fornire un CD di installazione con relativa licenza! Io alla fine uso il mio portatile, ma in qualche modo devo condividere le cose con gli altri!
Per tornare al problema:
Citazione:
Messaggio inserito da dallolio_gm
aln, gcg, phylip, nexus sono tutti formati salvati in solo testo, perciò li puoi aprire con qualsiasi editor di testi, purchè poi tu non li salvi come .doc o con un qualsiasi formato diverso da questi
Citazione:
Mmm...se provi ad aprire direttamente il file .aln con un Editor di Testo (quello che si usa per aprire i .txt o anche Word)?
Ok grazie  proverò ad aprirli con un editor di testo (non Word ) e vedo cosa salta fuori!
Citazione:
Messaggio inserito da dallolio_gm
Citazione:
Provato... ma non me lo fa "uplodare" (caricare )!!!
quando clicco su "Upload file" mi viene fuori la finestrella con scritto:
Spiega per bene i passaggi che fai e vediamo se si capisce qualcosa.
Ho eseguito pari pari quello che ha scritto Domi!
Magari non sono in FASTA ma non avendolo aperto non saprei!
Citazione:
Messaggio inserito da domi84
Ma...ma...ho appena provato a fare un allineamento con CLC e ho seguito la procedura e ha funzionato!
Ok riproverò da capo!
Grazie!
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 12 ottobre 2008 : 12:56:45
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Allora, ho riprovato!
Per quanto riguarda questo:
Citazione:
Messaggio inserito da domi84
Puoi provare a salvare il file in formato .aln
andare su http://www.igs.cnrs-mrs.fr/Tcoffee/tcoffee_cgi/index.cgi
Scegliere "Regular" di T-Coffee, uploadare (si dice così?!?) il file .aln e vedere se tra i vari file ce n'è qualcuno che ti può servire (a me piace un sacco il file score_pdf)
1. ehmmm  avevo semplicemente sbagliato a cliccare!
dopo aver caricato il mio file utilizzando il tasto "Sfoglia" cliccavo su "Upload file" anziché "Submit" e quello che veniva fuori era solo la finestrella che mi avverte che il file da caricare deve essere in formato FASTA.
2. ora ho fatto tutto correttamente ma... la mia sequanza è troppo lunga "Maximum length of sequences is 2000" la mia supera i 3000!
Quindi sono passata alla seconda opzione, aprire i file con editor di testo. Quello che mi piace di più è .aln aperto con PSPad  o WordPad. Rimane il problema di comunicazione con l'odiato Word (non insultatemi vi prego, ci ha già pensato l'informatico che ho qua di fianco! ). Di fare copia incolla non se ne parla compare "Buffer overrun detected" e si impalla tutto! Ma salvando una copia come .rtf si riesce!
Dopo tutti questi giri e 10 file salvati per un solo allineamto ci sono quasi, l'unica cosa che manca è la numerazione delle sequenze... nessuno dei formati esportati le salva!
Ma forse a questo punto faccio prima a metterli io a mano!
Se avete altri suggerimenti sono ben accetti!
Grazie
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Patrizio
Moderatore
Città: Barcellona
1914 Messaggi |
Inserito il - 23 ottobre 2010 : 18:26:45
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| certo che questo clc sequence viewer e' tanto bello quanto inutile alla fine, cioe' e' molto limitato ... sipossono fare appena 4 cose, e' piu' lo spazio che ti occupa sul HD che il resto |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 23 ottobre 2010 : 20:08:07
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No beh ci puoi fare molte cose... basta saperlo usare!  |
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Patrizio
Moderatore
Città: Barcellona
1914 Messaggi |
Inserito il - 23 ottobre 2010 : 21:24:10
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| certo certo... abbiamo un significato diverso della parola molte... |
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RNA world
Utente Junior
370 Messaggi |
Inserito il - 21 novembre 2010 : 13:32:07
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certo che la invitrogen sta perdendo un bel po di clienti col fatto che vector nti adesso si paga... peccato, perchè resta sempre il miglior programma, ma anche nelle univesita' prestigiose dove non ci sono grandi problemi economici stanno tutti migrando verso CLC, che se non sbaglio è si a pagamento, ma la licenza non è solo per un anno...
ciao |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 22 novembre 2010 : 19:30:56
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Citazione:
Messaggio inserito da RNA world
... CLC, che se non sbaglio è si a pagamento, ma la licenza non è solo per un anno...
Io uso tranquillamente quello free sul mio portatile, però in effetti in labo abbiamo una delle versioni a pagamento (ce ne sono varie) e la licenza dura per sempre, non solo un anno.
Non sapevo che Vector NTI avesse una licenza di solo un anno, è assurdo!!! |
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CLC Sequence Viewer
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