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genoveffa
Nuovo Arrivato


Prov.: Avellino


25 Messaggi

Inserito il - 09 giugno 2006 : 21:34:13  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di genoveffa Invia a genoveffa un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ho alcuni dubbi:
in ensembl troviamo annotazioni su geni ortologhi?

dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 10 giugno 2006 : 10:14:28  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ciao!
sì, in particolare le informazioni sulle omologie (che siano ortologie o paralogie) sono memorizzate su un database chiamato Compara su Ensembl (http://www.ensembl.org/info/software/compara/index.html).

Se ti interessa imparare un po' di perl, ti consiglio di dare un'occhiata al funzionamento delle API che sono documentate su quella pagina; altrimenti, il sistema piu' comodo per ricavare gli ortologhi su ensembl è forse quello di utilizzare BioMart, ossia http://www.ensembl.org/Multi/martview .

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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